非法侵占村村通公路排水沟属于违法行为，处理方式主要包括责令停止侵害、恢复原状、赔偿损失，情节严重的还可能面临行政处罚或刑事处罚。具体分析如下：

1. 民事责任：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公路排水沟作为村村通公路的附属设施，属于公共设施范畴，其所有权和使用权受法律保护。非法侵占排水沟，侵害了公路管理部门的物权，公路管理部门或相关权利人有权要求侵占者停止侵害、恢复原状，并赔偿因此造成的损失。
   • 若侵占行为导致排水不畅，进而引发周边土地或建筑物受损，侵占者还需对受损方承担相应的民事赔偿责任。

2. 行政责任：

   • 依据《中华人民共和国公路法》及其实施条例，非法侵占公路排水沟属于破坏、损坏公路设施的行为，公路管理部门有权对侵占者进行行政处罚，包括罚款、责令限期改正等。
   • 若侵占行为情节严重，如造成公路设施严重损坏或影响公路安全通行，公路管理部门还可将案件移送公安机关，由公安机关依法给予治安管理处罚。

3. 刑事责任：

   • 在极端情况下，如果非法侵占行为导致公路设施严重损坏，且损失金额达到刑事立案标准，或者侵占行为构成其他犯罪（如故意毁坏财物罪、破坏交通设施罪等），侵占者可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。

处理建议：

• 一旦发现非法侵占村村通公路排水沟的行为，应立即向当地公路管理部门或相关执法机构报告，以便及时制止侵占行为并防止损失扩大。
• 公路管理部门或相关权利人应收集并保存好侵占行为的证据，如照片、视频、证人证言等，以便在后续的法律程序中维护自身权益。
• 对于侵占者，应依法追究其民事责任、行政责任或刑事责任，以维护公路设施的完好和公共利益的安全。