房地产开发公司与教育部门达成的学区协议，其有效性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、协议内容合法性

1. 协议内容合规性：

   • 如果协议内容符合相关法律法规的规定，比如没有违反教育公平原则，没有损害公共利益，且双方主体适格（即房地产开发公司和教育部门均具备签订此类协议的资格），那么该协议在内容上是合法的，具有法律效力。

2. 协议内容违规性：

   • 如果协议内容违反了相关法律法规，比如通过协议排除了其他适龄儿童就近入学的权利，或者以不合理的条件限制了教育资源的公平分配，那么该协议可能因违法而无效。

二、协议签订程序

1. 程序合规性：

   • 如果协议的签订程序符合法律法规的规定，比如经过了必要的审批、公示等程序，且双方意思表示真实、自愿，那么该协议在程序上是合法的，具有法律效力。

2. 程序违规性：

   • 如果协议的签订程序存在瑕疵，比如未经审批、未公示或者存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议可能因程序违法而无效或可撤销。

三、实际履行情况

1. 实际履行与协议一致：

   • 如果协议签订后，双方均按照协议约定履行了各自的义务，比如房地产开发公司按照约定提供了相应的教育设施或资金支持，教育部门也按照约定提供了学区服务，那么该协议在实际履行上是有效的。

2. 实际履行与协议不一致：

   • 如果协议签订后，一方或双方未按照协议约定履行义务，比如房地产开发公司未提供约定的教育设施或资金支持，或者教育部门未提供约定的学区服务，那么该协议在实际履行上可能存在问题，甚至可能因违约而引发法律纠纷。

四、法律后果与建议

• 法律后果：如果协议无效或可撤销，那么双方可能面临恢复原状、赔偿损失等法律后果。同时，如果协议内容违法，还可能面临行政处罚等法律责任。
• 建议：在签订此类协议时，双方应充分了解相关法律法规的规定，确保协议内容合法、程序合规。同时，在协议履行过程中，双方应严格按照协议约定履行各自的义务，以避免法律纠纷的发生。如果发生纠纷，应及时寻求法律途径解决。

如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律解答和帮助。