针对您提出的“员工工作到9月30日离职当年的年假怎么算”的问题，这是一个涉及员工权益的重要事项，需要依据相关法律法规进行详细解答。

首先，我们要明确的是，员工年假的计算与补偿主要依据《职工带薪年休假条例》及《企业职工带薪年休假实施办法》的相关规定。这些规定综合考虑了员工的累计工作年限、当年度已过日历天数、已休年假情况以及离职原因等多个因素。

一、确定可享受的年假天数

根据《职工带薪年休假条例》，员工的年假天数与其累计工作年限直接相关。具体来说：

• 累计工作已满1年不满10年的，年休假为5天；
• 已满10年不满20年的，年休假为10天；
• 已满20年的，年休假为15天。

这是计算年假天数的基础，也是后续折算应休未休年假天数的依据。

二、计算当年度应休年假天数

当员工在9月30日离职时，其当年度应休年假天数需要按照工作时间进行折算。具体折算方法为：

（当年度在本单位已过日历天数÷365天）×职工本人全年应当享受的年休假天数

折算后不足1整天的部分，不享受（或不支付）年休假（工资报酬）。例如，如果员工累计工作满3年，每年可享受5天年休假，且在当年已过日历天数为273天（假设当年非闰年），则其当年度应休年假天数为：273÷365×5 ≈ 3.74天，按规定取整数部分，即3天。

三、已休和未休年假的处理

1. 已休年假多于应休年假： 如果员工已休年假天数多于折算后应休年假天数，用人单位不得因员工提前离职而扣回多休部分年假对应的工资。这是对员工权益的保护。

2. 未休年假： 如果员工有未休的年假，用人单位应当按照员工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。日工资收入按照员工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。月工资是指员工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。在本用人单位工作时间不满12个月的，按实际月份计算月平均工资。

四、特殊情况处理

员工离职时是否有权获得未休年假补偿，还需考虑离职原因等具体情况。如果离职是因用人单位违反法律法规或劳动合同约定导致，员工有权要求未休年假的补偿。

五、争议解决途径

如果用人单位与员工就年假计算和补偿问题产生争议，员工可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

• 与单位协商，寻求双方都能接受的解决方案；
• 向劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理；
• 申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。

综上所述，员工在9月30日离职时，其当年年假的计算与补偿是一个综合考量多个因素的过程。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护这些权益。希望这个解答能够帮助您更好地理解年假的计算与补偿问题。