结论：公司取消打卡后以旷工为由辞退员工，员工是否有赔偿金需视具体情况而定，主要取决于公司取消打卡的合法性、员工是否实际出勤以及公司辞退程序的合法性。
分析如下：
公司取消打卡的合法性：
- 公司有权根据自身管理需要调整考勤方式，包括取消打卡制度。但这一调整应当合法、合理，并且应当提前告知员工，确保员工知晓并同意（或至少不反对）新的考勤方式。
- 如果公司未提前告知员工或未经员工同意擅自取消打卡，并以此为由认定员工旷工，这种做法可能缺乏合法性，员工有权对此提出异议。
员工是否实际出勤：
- 即使公司取消了打卡制度，员工仍有义务按照公司规定的工作时间和地点出勤。如果员工确实未出勤，且无法提供合理理由（如病假、事假等），那么公司以旷工为由辞退员工可能是合法的。
- 如果员工实际出勤但无法提供打卡记录（因为打卡制度已被取消），员工应当保留其他出勤证据（如工作记录、同事证言等），以证明自己并未旷工。
公司辞退程序的合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，公司辞退员工应当遵循法定程序，包括提前通知、说明理由、听取员工意见等。如果公司未遵循这些程序，即使员工确实存在旷工行为，公司的辞退决定也可能被认定为违法。
- 特别是，如果公司以旷工为由辞退员工，但未能提供充分证据证明员工旷工的事实，或者旷工天数未达到公司规章制度或法律法规规定的辞退标准，那么公司的辞退决定可能缺乏合法性。
法律建议：
- 如果您认为公司取消打卡后以旷工为由辞退您的做法缺乏合法性，您可以先与公司协商，要求公司提供充分的证据证明您旷工的事实，并要求公司遵循法定程序进行辞退。
- 如果协商无果，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付违法辞退的赔偿金。在申请劳动仲裁时，您需要提供相关证据证明自己的出勤情况以及公司辞退程序的违法性。
- 在整个过程中，建议您保留好所有与出勤、工作相关的证据，如工作记录、同事证言、邮件往来等，以便在需要时提供证明。
可能法律后果：
- 如果公司被认定违法辞退员工，根据《劳动合同法》的规定，公司可能需要支付员工经济补偿金或赔偿金，具体数额根据员工在公司的工作年限、工资水平等因素确定。
- 如果员工被认定确实存在旷工行为且旷工天数达到公司规章制度或法律法规规定的辞退标准，那么公司辞退员工的决定可能是合法的，员工可能无法获得赔偿金。
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