结论：公司没您名字但合作协议以您一人签字，能否起诉需分情况讨论，主要取决于您与公司的关系、协议性质及内容等因素。以下从不同角度为您详细分析：
一、若您代表公司签署合作协议
表见代理或职务行为：
- 法律背景：根据《民法典》相关规定，若您虽非公司登记股东或法定代表人，但以公司名义签署合作协议，且相对方有理由相信您有代理权（如您持有公司公章、介绍信等），则可能构成表见代理或职务行为。
- 法律后果：在此情况下，公司需承担合同责任，您个人一般不承担责任。但若您存在故意或重大过失，公司可能向您追偿。
- 起诉建议：若您代表公司签署协议，且公司未履行协议义务，相对方可以公司为被告提起诉讼。您个人一般不是诉讼主体，除非公司或相对方将您列为共同被告或第三人。
无权代理：
- 法律背景：若您未经公司授权，擅自以公司名义签署合作协议，则构成无权代理。
- 法律后果：无权代理签订的合同对公司不发生效力，除非公司事后追认。若公司未追认，合同责任由您个人承担。
- 起诉建议：若您因无权代理签署协议而面临法律纠纷，相对方可能以您为被告提起诉讼。此时，您需承担举证责任，证明您签署协议时已获得公司授权或公司事后追认。
二、若您以个人名义签署合作协议，但协议内容涉及公司业务
合同相对性原则：
- 法律背景：根据合同相对性原则，合同仅对签署合同的双方具有约束力。若您以个人名义签署合作协议，则合同责任由您个人承担，与公司无关。
- 法律后果：若协议内容涉及公司业务，但您未以公司名义签署，则公司无需承担合同责任。若您因履行协议而损害公司利益，公司可能向您追偿。
- 起诉建议：若您以个人名义签署协议，但协议内容涉及公司业务，且您未履行协议义务，相对方可以您为被告提起诉讼。公司一般不是诉讼主体，除非协议明确约定公司为共同债务人或担保人。
协议效力问题：
- 法律背景：若协议内容违反法律法规强制性规定或公序良俗，则协议可能无效或部分无效。
- 法律后果：若协议无效，您无需承担履行协议的责任，但可能需承担缔约过失责任或赔偿责任。
- 起诉建议：若您因协议无效而面临法律纠纷，相对方可能以您为被告提起诉讼。此时，您需举证证明协议存在无效情形，以减轻或免除您的责任。
三、特殊情况：您与公司存在挂靠、合伙等关系
- 法律背景：若您与公司存在挂靠、合伙等关系，且合作协议与这些关系相关，则需根据具体关系确定诉讼主体和责任承担。
- 法律后果：在挂靠关系中，您可能需以个人名义承担合同责任，但公司可能因您挂靠行为而承担连带责任。在合伙关系中，您和公司（或其他合伙人）可能需共同承担合同责任。
- 起诉建议：若您与公司存在挂靠、合伙等关系，且因合作协议引发法律纠纷，建议根据具体关系确定诉讼策略。必要时，可咨询专业律师以制定更详细的诉讼方案。
总结与建议：公司没您名字但合作协议以您一人签字能否起诉，需根据您与公司的关系、协议性质及内容等因素综合判断。若您面临此类法律纠纷，建议尽快收集相关证据（如协议文本、授权委托书、公司章程等），并咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。