结论：公司要求员工在居转户时签订服务期协议并约定未满3年需赔偿三个月工资的做法，其合法性需分情况讨论，主要取决于公司是否为员工提供了专项培训费用或特殊待遇，以及赔偿金额的合理性。

1. 服务期协议的合法性基础

根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条的规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

情况分析：

• 若公司提供了专项培训：如果公司确实为居转户的员工提供了专项培训，并支付了相应的培训费用，那么公司有权与员工签订服务期协议，并约定未满服务期需支付的违约金。但违约金的数额必须合理，不得超过公司实际支付的培训费用，且应按未履行服务期比例分摊。
• 若公司未提供专项培训：如果公司并未为员工提供专项培训，而是仅基于居转户这一事实要求员工签订服务期协议，并约定违约金，那么这种做法可能缺乏法律依据。因为服务期协议的合法性基础在于公司为员工提供了专项培训费用，而非其他非培训性质的待遇或条件。

2. 赔偿三个月工资的合理性

即使公司有权与员工签订服务期协议并约定违约金，赔偿三个月工资作为违约金的合理性也需进一步探讨。根据《劳动合同法》的规定，违约金的数额应与公司提供的培训费用相关，并应按未履行服务期比例分摊。因此，如果公司要求的违约金（即赔偿三个月工资）明显高于其实际支付的培训费用，或者未按未履行服务期比例分摊，那么这种约定可能被视为不合理。

3. 法律建议

• 对于员工：在签订服务期协议前，应仔细阅读协议条款，了解公司是否提供了专项培训费用，以及违约金的计算方式和合理性。如果认为协议条款不合理或存在疑问，应及时与公司沟通协商，或咨询专业律师的意见。
• 对于公司：在要求员工签订服务期协议时，应确保协议条款的合法性和合理性。如果提供了专项培训费用，应明确约定违约金的计算方式和上限，并确保不超过实际支付的培训费用。同时，公司也应考虑员工的实际情况和合理需求，避免设置过于苛刻的服务期和违约金条款。

4. 可能的法律后果

• 如果协议合法且合理：员工未满服务期离职的，应按照协议约定支付违约金。但公司不得要求员工支付超过法定限额的违约金。
• 如果协议不合法或不合理：员工有权拒绝支付违约金，并可以向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认协议无效或调整违约金数额。

总结：公司要求员工在居转户时签订服务期协议并约定未满3年需赔偿三个月工资的做法，其合法性需根据具体情况判断。如果公司提供了专项培训费用并合理约定了违约金数额，那么这种做法可能是合法的；否则，可能缺乏法律依据或被视为不合理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。