结论前置：租车合同中约定押金10000元，违约金扣总租金的20%，在一般情况下是合法的，但其合法性及合理性需根据具体合同条款、实际损失、当地法律法规以及是否体现双方真实意愿来综合判断。
一、法律依据与合法性基础
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人双方在签订合同时，可以约定一方违约时根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，或约定损失赔偿额的计算方法。这一约定需基于双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定及公序良俗，方为有效。因此，租车合同中约定违约金扣总租金的20%，只要满足上述条件，通常认定为合法。
二、违约金合理性的评估
与实际损失的关系：
- 违约金的核心目的是补偿因违约给对方造成的损失。因此，20%的违约金是否合理，关键在于这一比例是否过分高于或低于因违约造成的实际损失。
- 若该比例能合理反映租车公司因车辆闲置、准备成本等直接和间接损失，则视为合理。例如，若因违约导致车辆无法出租，租车公司因此损失了预期的租金收入，且该损失与20%的违约金比例相当，则该违约金比例是合理的。
过高或过低的调整：
- 法律允许在违约金过分高于（一般超过损失的30%）或低于实际损失时，通过法院或仲裁机构进行调整。
- 若租车合同中的违约金被认为过高，违约方可请求减少；反之，若认为过低，守约方可请求增加。例如，若实际损失仅为总租金的10%，而合同约定违约金为20%，则违约方有权请求减少违约金。
三、押金与违约金的关系
- 押金与违约金是两个不同的概念。押金是承租人为了担保其履行合同义务而支付给出租人的一定数额的金钱，通常在合同履行完毕后退还。
- 违约金则是因违约行为而支付给对方的金钱赔偿。在租车合同中，押金和违约金可以并存，但它们的性质和目的不同。
- 若合同中同时约定了押金和违约金，且违约行为发生时，出租人有权选择适用押金或违约金条款，或者同时适用两者（但需注意不得超过实际损失的范围）。然而，具体如何适用需根据合同条款和当地法律法规来判断。
四、地区差异与司法实践
- 不同地区的法律法规和司法实践对违约金的具体规定可能有所差异。部分地区可能对违约金的比例设定了上限或下限，超出此范围的可能不被支持。
- 因此，在评估租车合同中违约金的合法性时，还需考虑当地的特定法律规定。例如，某些地区可能规定违约金不得超过实际损失的某一比例（如30%），若超出则视为过高。
五、实际操作建议
详细阅读合同：
- 在签订租车合同前，务必仔细阅读并理解所有条款，特别是关于押金和违约金的约定。确保自身权益不受损害，并明确在何种情况下会触发违约金条款。
协商与谈判：
- 如认为违约金条款不合理或过高，可与租车公司进行协商，尝试调整至双方都能接受的数额或计算方式。通过友好协商，往往可以达成更公平合理的合同条款。
法律咨询与维权：
- 面对复杂的法律问题或存在疑问时，应及时向我咨询，获取准确的法律意见和指导。若因违约金问题发生纠纷，且无法通过协商解决，可考虑通过法律途径维护自身权益。
示例说明：假设某租车合同约定总租金为50000元，押金为10000元，违约金为总租金的20%（即10000元）。若承租人因故违约，导致租车公司损失了预期的租金收入（假设为8000元），则该违约金比例（20%）与实际损失（8000元相对于总租金50000元的比例）相当，因此是合理的。然而，若实际损失仅为3000元，则违约金比例（20%）可能被视为过高，违约方有权请求减少。
综上所述，租车合同中约定的押金和违约金条款需根据具体合同条款、实际损失、当地法律法规及双方真实意愿进行综合评估。在实际操作中，建议详细阅读合同、积极协商，并在必要时向我咨询以确保自身权益。