针对您提出的“员工罚款5000是否可以从工资扣除”的问题，以下是我根据我国劳动法及相关法律法规给出的详细解答：
一、用人单位一般无罚款权
首先，需要明确的是，罚款是行政处罚权的一种，通常由特定的行政机关在法定职权范围内实施。根据《行政处罚法》的规定，只有具有行政处罚权的行政机关才能对违法行为进行罚款。因此，作为非行政机关的用人单位，并不具备法律赋予的罚款权力。所以，从原则上讲，用人单位不能直接对员工进行5000元的罚款。
二、可从工资中扣除款项的法定情形
尽管用人单位无罚款权，但在某些特定法定情形下，用人单位可以从员工工资中扣除部分款项。这些情形主要包括：
代扣代缴款项：依据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位可以代扣劳动者工资用于缴纳个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定要求的抚养费、赡养费，以及法律、法规规定的其他费用。但这些扣除并不属于罚款范畴。
赔偿经济损失：根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同约定要求劳动者赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这意味着，即使员工需要赔偿经济损失，用人单位也不能一次性扣除5000元，而是需要按照上述规定进行扣除。
三、内部规章制度与经济处罚
虽然用人单位不能直接罚款，但可以通过合法有效的内部规章制度规定经济处罚措施，如扣除奖金、津贴等。然而，这些制度必须经过民主程序制定并向全体员工公示，且明确规定了处罚的具体情形、标准和程序。在执行经济处罚时，用人单位必须确保公正性和合理性，并遵循“教育为主、惩罚为辅”的原则。
四、用人单位违法罚款的后果
如果用人单位违反规定随意罚款或从工资中扣除款项，员工有权与用人单位协商要求返还，或向劳动监察部门投诉。劳动监察部门可责令用人单位限期支付扣除的工资，逾期不支付的，还需按应付金额的50%至100%加付赔偿金。此外，员工还可直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，可向人民法院提起诉讼。
总结与建议
综上所述，用人单位在处理员工违规行为时，应优先考虑通过教育、培训等方式引导员工遵守规章制度，而非直接采取经济处罚措施。在必要时采取经济处罚时，务必确保行为的合法性和合规性，避免侵犯员工的合法权益。对于您提到的5000元罚款问题，除非符合赔偿经济损失的法定情形且按照规定进行扣除，否则用人单位无权直接从员工工资中扣除。建议用人单位加强与员工的沟通和交流，建立良好的企业文化和员工关系，以减少纠纷和矛盾的发生。