若发现集体林地变更为耕地和基本农田的程序存在违法情形，您有权通过行政复议、行政诉讼等法律途径来维护权益，要求撤销违法变更行为并恢复原状。以下从不同角度为您详细分析应对措施：
行政复议途径
- 确定复议机关
- 根据《行政复议法》规定，对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。如果集体林地变更行为是由县级自然资源部门等作出的，您可以向县级人民政府或者上一级自然资源部门申请行政复议。
- 准备复议材料
- 提交行政复议申请书，写明申请人、被申请人的基本信息、复议请求（如撤销违法变更行为、恢复林地原状等）、事实与理由（详细阐述变更程序违法的具体表现，例如未依法进行公告、未征求相关权利人意见等）以及相关证据材料（如林权证、现场照片、证人证言等）。
- 复议流程跟进
- 复议机关受理申请后，会进行审查，可能会要求被申请人提供答复意见和相关证据。之后，复议机关会作出复议决定，维持、撤销、变更或者确认原行政行为违法等。如果对复议决定不服，还可以在法定期限内提起行政诉讼。
行政诉讼途径
- 确定管辖法院
- 行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。所以您可以根据自身情况选择向最初作出集体林地变更行为的行政机关所在地法院或者复议机关所在地法院提起行政诉讼。
- 准备诉讼材料
- 起草起诉状，明确原告、被告的基本信息、诉讼请求（与复议请求类似）、事实与理由（重点说明变更程序违法的事实依据和法律依据）以及相关证据材料。证据材料要能够充分证明变更行为在程序上存在违法之处，例如未按照法定程序进行审批、未进行环境影响评价等。
- 诉讼过程参与
- 法院受理案件后，会依法进行审理。在庭审过程中，您需要按照法官的指引进行陈述、举证、质证和辩论等环节，充分阐述自己的观点和诉求。法院会根据查明的事实和相关法律规定作出判决，判决结果可能包括撤销违法变更行为、责令恢复原状等。
其他途径
- 向相关部门举报
- 您还可以向纪检监察机关、林业主管部门、自然资源主管部门等举报相关违法违规行为。这些部门有权对违法变更集体林地行为进行调查处理，对相关责任人进行责任追究。举报时需要提供详细的线索和证据，以便相关部门能够及时开展调查工作。
- 协商调解
- 在采取上述法律途径之前，您也可以尝试与作出变更行为的行政机关或者相关责任方进行协商调解。通过友好沟通，表达您的诉求和关切，争取达成一个双方都能接受的解决方案，例如恢复部分林地、给予相应的补偿等。但协商调解需要双方自愿，且结果不具有强制执行力。
在处理此类问题时，证据的收集和保存至关重要。您要尽可能收集能够证明集体林地变更程序违法的各种证据，如文件、通知、照片、视频、证人证言等。如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，随时都可以向我咨询。