结论：买房时按秒杀价付款，办房产证时按实际测量面积补差价，这一做法是否合法，需根据具体情况判断，若合同中有明确约定，则合法；若合同未约定或约定不明，则可能不合法或存在争议。以下从不同角度进行分析：
一、合同有明确约定的情况
在房屋买卖合同中，如果双方明确约定了房屋的计价方式为按建筑面积计价，并且约定了面积差异的处理方式（如面积误差比绝对值在3%以内（含3%）的，据实结算房价款；面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房等），那么在办理房产证时，按照实际测量面积补差价是合法的。这种约定是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，因此具有法律效力。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第四百六十五条：依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
- 《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十四条：出卖人交付使用的房屋套内建筑面积或者建筑面积与商品房买卖合同约定面积不符，合同有约定的，按照约定处理。
二、合同未约定或约定不明的情况
如果房屋买卖合同中没有明确约定房屋的计价方式或面积差异的处理方式，那么在办理房产证时，按照实际测量面积补差价可能就不合法或存在争议。此时，双方应首先协商解决，协商不成的，可以按照相关法律规定或交易习惯处理。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第五百一十条：合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
- 《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十四条：合同没有约定或者约定不明确的，按照以下原则处理：（一）面积误差比绝对值在3%以内（含3%），按照合同约定的价格据实结算，买受人请求解除合同的，不予支持；（二）面积误差比绝对值超出3%，买受人请求解除合同、返还已付购房款及利息的，应予支持。买受人同意继续履行合同，房屋实际面积大于合同约定面积的，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款由买受人按照约定的价格补足，面积误差比超出3%部分的房价款由出卖人承担，所有权归买受人；房屋实际面积小于合同约定面积的，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款及利息由出卖人返还买受人，面积误差比超过3%部分的房价款由出卖人双倍返还买受人。
三、实际操作建议
- 审查合同条款：在购买房屋时，务必仔细审查合同条款，特别是关于房屋计价方式、面积差异处理方式等关键条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 协商解决：如果合同未约定或约定不明，且双方对面积差异处理存在争议，应首先尝试通过协商解决，以达成双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律帮助：如果协商不成，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
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