结论前置：公司被仲裁期间更换法人代表，原则上不影响公司作为劳动仲裁的主体继续承担法律责任，但需确保更换过程合法合规，不损害劳动者权益。以下从法律程序、责任承担、实务建议三个角度展开分析：

一、法律程序：公司有权在仲裁期间更换法人

根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及公司法相关规定，公司变更法定代表人属于市场主体变更登记的范畴，只要符合法定程序（如股东会决议、提交变更登记申请等），公司有权在劳动仲裁期间完成法人变更。这一变更行为本身不因仲裁程序的存在而受限制。

关键流程：

1. 股东会决议：需经代表三分之二以上表决权的股东通过（具体比例以公司章程为准）；
2. 提交申请材料：包括变更登记申请书、股东会决议、新法人身份证明等；
3. 工商审核登记：工商部门审核通过后换发新营业执照。

二、责任承担：法人变更不影响公司仲裁责任

1. 仲裁程序不受影响：劳动仲裁的被申请人是公司本身，而非法定代表人个人。根据《劳动合同法》第三十三条，用人单位变更名称、法定代表人等事项，不影响劳动合同履行，因此仲裁程序会继续进行，裁决结果仍由公司承担。
2. 法律责任不因法人变更而转移：新任法人代表需对公司之前的法律行为（如拖欠工资、违法解除劳动关系等）承担责任。若公司拒不履行仲裁裁决，法院可对其采取强制执行措施（如冻结账户、查封财产等），极端情况下甚至可能追究法人个人责任（如存在恶意逃避债务行为）。

三、实务建议：更换法人需谨慎操作

1. 避免恶意逃避责任：若公司为规避仲裁裁决执行而更换法人，可能被认定为违法，面临法律制裁。例如，法院可依据《民事诉讼法》相关规定，对恶意转移财产、逃避执行的行为进行处罚。
2. 确保程序合法合规：更换法人需严格遵守公司章程和法律法规，保留完整的股东会决议、变更登记文件等证据，以证明变更行为的正当性。
3. 积极应对仲裁程序：无论法人是否变更，公司均应积极参与仲裁调解和程序，按照裁决结果履行义务，避免进入强制执行阶段。

四、特殊情形：法人个人责任的风险

若法人个人存在过错（如滥用职权拖欠工资、违法解除劳动关系等），且被认定为个人责任，则其需直接承担法律后果，包括民事赔偿甚至行政处罚。例如，根据《劳动合同法》第八十五条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付，逾期不支付的，可责令加付赔偿金；若法人个人参与违法行为，可能面临更严厉的处罚。

总结：公司被仲裁期间更换法人代表是法律允许的，但需确保程序合法、不损害劳动者权益。更换后，公司仍需承担仲裁责任，新任法人代表也可能因公司行为而面临法律风险。如有具体操作疑问或需进一步法律分析，可直接向我咨询。