关于月薪的劳动合同中休息日是否扣工资的问题，结论是：这主要取决于工资的计算方式以及劳动合同中的相关约定。以下是对此问题的详细分析：

1. 月薪制且符合标准工时制

   • 在实行标准工时制（一般为每日工作8小时、每周工作40小时，每周至少休息1天）并以月薪形式发放工资的情况下，休息日是不扣工资的。月薪是根据劳动者一个月内正常工作时间的劳动付出所确定的报酬，正常休息日属于劳动者的法定休息权利，不应影响工资总额。
   • 例子：若劳动者月薪为5000元，且按照国家规定的月计薪天数21.75天来计算，只要劳动者当月正常完成工作任务，无论实际出勤天数（包含法定工作日及法定节假日）是多少，都应足额获得5000元工资。

2. 按实际出勤天数或小时计算工资

   • 对于某些临时性、短期性的工作岗位，或者部分小时工等，其工资可能是按实际出勤天数或小时数来计算的。在这种情况下，由于休息日并未实际出勤工作，因此通常不计入工资。
   • 例子：某临时工约定日薪为200元，按实际出勤天数结算工资，若该临时工当月实际出勤20天（其中包含5天休息日未出勤），则其当月工资应为200元×20天=4000元。

3. 计件工资制

   • 在计件工资制下，劳动者的工资是根据其完成的工件数量来计算的，与休息日无关。劳动者完成了多少工件，就按照相应的单价获得多少工资，这种计算方式与休息日没有直接联系。

4. 加班及调休情况

   • 加班后调休：如果劳动者在休息日加班，并且用人单位之后安排了调休，那么调休的这一天虽然原本是休息日，但因为是对加班的补偿性休息，所以不影响工资的正常发放，工资仍按正常出勤计算。
   • 加班无调休：若劳动者在休息日加班且用人单位未安排调休，根据法律规定，用人单位应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。例如，若劳动者日薪为200元，在一个休息日加班且未获调休，则该日应获得的加班工资为200元×2=400元，这笔加班工资将计入当月工资总额。

5. 劳动合同中的约定

   • 劳动合同中的约定至关重要。如果合同中有明确规定月薪包含休息日的工资，或者对工资计算方式有具体说明，则应按照合同约定执行。因此，在签订劳动合同时，劳动者应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。

6. 地区差异

   • 不同地区对于工资支付的具体规定可能存在细微差异，因此在实际操作中应以当地法律法规为准。例如，某些地区可能有特定的工资支付条例或规定，对休息日的工资计算有更详细的规定。

建议：

• 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资计算方式和休息日工资的规定。
• 如果对自己的工资计算方式存在疑问，或者认为用人单位在工资支付方面存在违法行为，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。

综上所述，工资是否扣除休息日取决于具体的工资计算方式以及劳动合同中的相关约定。在实际操作中，应综合考虑各种因素以确保工资的合法性和合理性。