若证券存管协议合作方未签署，可按以下步骤处理：

1. 核查协议签署流程与责任归属
   首先需确认协议签署流程是否符合双方约定及法律规定。例如：
   

• 若协议明确约定“需双方签字/盖章后生效”，但合作方未签署，则协议尚未成立，双方无需履行义务。此时需与合作方沟通，明确其未签署的原因（如条款争议、内部审批延迟等），并协商补充签署或修改条款。
  
• 若协议已通过电子签名、传真签署等替代方式完成，需核实其法律效力（如是否符合《电子签名法》要求）。若方式合法，则协议已生效；若方式不合法，则需重新签署。
  
• 若因一方过错导致未签署（如合作方故意拖延），可依据《民法典》第5条“自愿原则”及第119条“合同成立要件”，要求其承担缔约过失责任（如赔偿因未签署导致的损失）。

1. 评估未签署对业务的影响及应对措施
   未签署协议可能引发以下风险，需针对性处理：
   

• 业务停滞风险：若存管协议是证券交易、资金划转等业务的前提，未签署可能导致业务无法开展。此时可与合作方协商签署补充协议，明确临时过渡方案（如先以邮件确认操作流程），同时推进正式协议签署。
  
• 法律责任风险：若未签署协议期间已实际履行部分义务（如一方已划转资金），可能被认定为“事实合同关系”。此时需固定证据（如转账记录、沟通记录），并依据《民法典》第490条“以实际履行行为成立合同”主张权利，但需注意事实合同的权利义务范围可能不明确，易引发纠纷。
  
• 监管合规风险：证券行业受《证券法》《证券公司监督管理条例》等严格监管，未签署存管协议可能违反“客户资金第三方存管”等规定。此时需立即向监管部门报告，并配合整改（如补签协议、调整业务流程），避免被处罚。

1. 预防未签署风险的长期机制
   为避免类似问题再次发生，建议：
   

• 优化协议条款：在协议中明确签署期限（如“本协议自双方签署后生效，签署期限为XX日”）、逾期未签署的处理方式（如“任一方逾期未签署，视为放弃合作，已支付费用不予退还”），以及争议解决方式（如仲裁或诉讼）。
  
• 建立签署流程监控：通过邮件提醒、短信通知等方式跟踪签署进度，对拖延方及时催告（保留催告记录）。若合作方长期未回应，可依据《民法典》第563条“预期违约”解除合作，并要求赔偿损失。
  
• 法律培训与合规审查：定期对业务人员开展合同法律培训，确保其理解签署流程的重要性；在协议签署前，由法务或外部律师审查条款，避免因条款歧义导致合作方拒签。

总结：合作方未签署证券存管协议时，需先核查签署流程与责任，再评估业务、法律及监管风险，最后通过优化条款、监控流程、加强培训等措施预防风险。若涉及具体纠纷或需进一步分析，可直接向我咨询。