在您已经与公司协商签订了赔偿协议的情况下，离职申请原因的撰写应当既符合实际情况，又能保护您的合法权益，同时避免引发不必要的纠纷。以下是一些建议，供您参考：
简洁明了，直接陈述事实：
- 您可以简单地写明：“因与公司协商一致，解除劳动关系，并已签订赔偿协议。”这样的表述既直接又明了，能够清晰地传达出您离职的原因和背景。
强调协商一致性，避免负面评价：
- 在撰写离职申请原因时，尽量避免对公司或工作进行负面评价。您可以强调双方是经过友好协商，达成一致意见后决定解除劳动关系的。例如：“经与公司友好协商，双方就解除劳动关系事宜达成一致，并已签订相关赔偿协议。”
突出赔偿协议的签订，保障自身权益：
- 既然您已经与公司签订了赔偿协议，那么在离职申请原因中提及这一点，可以进一步保障您的合法权益。您可以这样写：“因与公司就解除劳动关系事宜进行协商，并已签订赔偿协议，故申请离职。”这样的表述既说明了离职的原因，又强调了赔偿协议的存在，有助于在后续可能出现的纠纷中维护您的权益。
避免提及具体辞退原因，保持中立态度：
- 如果您不想在离职申请原因中过多涉及具体的辞退原因（如经营结构调整、绩效不达标等），可以选择保持中立态度，只提及双方协商一致解除劳动关系并已签订赔偿协议的事实。这样的表述更加客观、中立，有助于减少不必要的争议和误解。
在撰写离职申请原因时，您还需要注意以下几点：
- 保持真实性：离职申请原因应当真实反映您离职的实际情况和背景，避免虚构或夸大事实。
- 避免情绪化表达：尽量保持冷静、客观的态度，避免在离职申请原因中表达过多的情绪或个人感受。
- 遵循公司规定：如果公司有关于离职申请原因的特定要求或格式，您应当遵循公司的规定进行撰写。
最后，我想强调的是，虽然离职申请原因的撰写看似简单，但实际上却涉及到您的合法权益和后续可能出现的纠纷处理。因此，在撰写前，您最好能够仔细阅读您与公司签订的赔偿协议，确保离职申请原因与协议内容保持一致，并避免在表述上产生歧义或误解。如果您在撰写过程中有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。