招标代理费在甲方招标的情况下，一般由招标人（甲方）承担，但具体承担方式可能因项目情况、双方约定及法律法规而有所不同。以下是对此问题的详细分析：

一、一般原则与法律法规依据

1. 法律法规背景：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，并未明确规定招标代理费的具体承担主体，这为招标活动双方提供了自主协商的空间。
   • 《招标代理服务收费管理暂行办法》第十条以及国家发展改革委的相关通知中，虽未强制规定招标代理费必须由招标人支付，但实践中招标人支付是较为常见的做法。

2. 合同自由原则：

   • 招标人、招标代理机构与投标人之间可以通过合同自由约定招标代理费的承担方式。只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。

二、常见承担方式及合理性分析

1. 招标人（甲方）承担：

   • 合理性：招标人是招标活动的发起者和主导者，由其支付招标代理费在逻辑上较为合理。此外，招标人支付的代理费可以计入工程前期费用中，作为工程成本的一部分进行核算。
   • 实践应用：这种支付方式在政府投资的大型基础设施建设项目中较为常见，有助于规范和管理招标流程。

2. 中标人承担：

   • 合理性：在某些商业项目或特殊行业中，招标文件可能会明确规定招标代理费由中标人支付。这种方式相当于将招标成本转嫁给了中标人，中标人在投标报价时通常会考虑这一因素。
   • 实践应用：中标人从获得的合同金额中提取一定比例来支付招标代理费，这在某些政府采购项目或大型工程项目中较为常见。

3. 双方分担：

   • 合理性：在某些特殊情况下，经过招标人与投标人协商，也可能出现双方共同分担招标代理费的情况，以体现公平原则。
   • 实践应用：具体分担比例和方式需由双方在合同中明确约定，以确保双方的权益得到保障。

三、实际操作建议

1. 明确约定：

   • 在招标文件中明确招标代理费的承担方式、支付方式及金额等关键信息，以避免后续争议。如果双方在招标文件或合同中没有明确约定，或者约定不明确导致争议，应及时通过法律途径解决。

2. 依法履行：

   • 各方应严格遵守法律法规和合同约定，依法履行各自的义务。招标人应确保招标代理费的支付符合相关法律法规及政策要求，避免涉及违规操作。

3. 合理定价：

   • 招标代理费的收费标准应遵循国家相关部门制定的收费标准或市场调节价，确保费用的合理性。招标人应对招标代理机构的工作进行监督和管理，确保其按照约定提供服务并合理使用招标代理费。

四、特殊情况下的费用承担

• 三方约定：如果招标人、招标代理机构与投标人之间另有约定，且该约定合法有效，那么招标代理费的承担方可能并非招标人，而是中标人或其他相关方。
• 招标文件及合同变更：在招标过程中，如果招标文件或合同发生变更，导致招标代理费的承担方式发生变化，各方应及时协商并签订补充协议，以明确新的费用承担方式。

总结来说，招标代理费在甲方招标的情况下，一般由招标人（甲方）承担，但具体承担方式可能因项目情况、双方约定及法律法规而有所不同。在实际操作中，建议各方明确约定招标代理费的承担方式，并依法履行各自的义务，以确保招标活动的顺利进行和维护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。