火灾造成邻居商铺商品烧毁，赔偿商品运费的责任承担问题，需根据火灾的具体原因来确定责任主体，进而判断运费由谁承担。以下是对此问题的详细分析：
一、责任主体及归责原则
店铺所有人或管理人责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。若火灾是由于店铺所有人或管理人的过错导致的，如未妥善管理火源、未及时维修电器等，那么店铺所有人或管理人应当承担侵权责任，赔偿因火灾造成的邻居商铺的财产损失，这自然包括了商品损失以及因商品烧毁而产生的合理运费。
第三人责任：
- 如果火灾是由于第三人的原因造成的，如纵火等，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，第三人应当承担侵权责任。此时，邻居商铺可以向第三人追偿，包括商品损失和运费。
不可抗力或意外事件：
- 若火灾是由于不可抗力（如自然灾害）或意外事件（如雷击）导致的，且店铺所有人或管理人已尽到合理的管理和防范义务，那么他们可能不承担或仅承担部分责任。在这种情况下，运费的承担可能需要根据具体情况和公平原则来协商或判决。
二、运费承担的具体分析
运费作为直接损失：
- 在火灾造成商品烧毁的情况下，运费通常被视为直接损失的一部分。如果店铺所有人或管理人或第三人需要承担赔偿责任，那么运费也应一并纳入赔偿范围。
运费计算的合理性：
- 运费的计算应基于合理的市场价格和运输距离等因素。如果运费过高或不合理，可能会影响赔偿金额的确定。因此，在协商或诉讼过程中，双方可以就运费的合理性进行举证和辩论。
三、建议与措施
及时报警并保留证据：
- 火灾发生后，应立即报警并保留相关证据，如火灾现场照片、视频、消防部门的调查报告等。这些证据将有助于确定火灾原因和责任主体。
协商与诉讼：
- 在确定责任主体后，双方可以尝试通过协商来解决问题。如果协商不成，可以向法院提起诉讼，要求责任方承担赔偿责任，包括商品损失和运费。
寻求专业法律帮助：
- 在处理此类纠纷时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助当事人维护自己的合法权益。
综上所述，火灾造成邻居商铺商品烧毁时，赔偿商品运费的责任承担问题需根据火灾的具体原因来确定。如果是因为店铺所有人或管理人的过错导致的火灾，那么他们应承担赔偿责任，包括运费；如果是因为第三人的原因造成的火灾，那么第三人应承担赔偿责任；如果是因为不可抗力或意外事件导致的火灾，且店铺所有人或管理人已尽到合理的管理和防范义务，那么运费的承担可能需要根据具体情况和公平原则来协商或判决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。