结论：迟到六分钟扣一天休是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若公司规章制度合法且员工知晓并同意，可能存在合法情形。以下从不同角度详细分析：
一、从公司规章制度合法性角度分析
规章制度需合法制定
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度中明确规定了迟到扣休的条款，但该条款未经上述民主程序制定，那么该条款可能因程序违法而不具有法律效力。在此情况下，公司依据该条款对员工进行扣休处理，就是不合法的。
规章制度需公示或告知员工
- 规章制度制定后，用人单位还应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 如果公司虽然制定了迟到扣休的规章制度，但未向员工公示或告知，员工对此并不知情，那么公司依据该规章制度对员工进行扣休处理，同样是不合法的。
二、从扣休合理性角度分析
扣休幅度需合理
- 即使公司规章制度合法且已公示或告知员工，但迟到六分钟就扣一天休，这种扣休幅度可能过于严厉，缺乏合理性。
- 劳动法旨在保护劳动者的合法权益，对于劳动者的轻微违纪行为，应当采取较为温和的处理方式，如警告、罚款（需符合当地规定）等，而不是直接扣除一天的休息时间。
扣休可能违反劳动法关于工作时间和休息休假的规定
- 根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 迟到六分钟并不构成对工作时间的实质性延长，而扣一天休则相当于剥夺了员工一天的休息时间，这可能违反了劳动法关于工作时间和休息休假的规定。
三、特殊情形下的合法性探讨
- 若公司规章制度合法且员工知晓并同意：在极少数情况下，如果公司的规章制度经过合法程序制定，且已向员工公示或告知，员工在入职时或后续工作中明确表示知晓并同意该规章制度中的迟到扣休条款，那么公司依据该条款对员工进行扣休处理，可能被视为合法。但这种情况较为罕见，且需要严格的证据支持。
建议：
- 如果您遇到了公司因迟到六分钟就扣一天休的情况，首先应当查看公司的规章制度，确认该条款是否经过合法程序制定且已向您公示或告知。
- 如果认为公司的处理方式不合法或不合理，您可以与公司进行协商，要求公司撤销或修改该处理决定。
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。