行政复议申请超过两年，一般情况下不予受理，但存在特殊情况时可能受理。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般原则与期限

根据《中华人民共和国行政复议法》第二十条的规定，公民、法人或者其他组织认为行政行为侵犯其合法权益的，通常应自知道或者应当知道该行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。这是法律设定的基本期限，旨在确保行政争议的及时解决和行政效率的稳定。若超过此期限且无正当理由，行政复议机关将有权不予受理。

二、特殊情况的考虑

1. 法定延长：如果其他法律对行政复议的申请期限有特别规定，并且这些规定允许超过六十日的申请期，则应遵循相关法律的特定要求。这意味着在某些特定情境下，行政复议的申请期限可能会得到法定延长，但通常这种延长不会达到两年之久。

2. 不可抗力或正当理由：对于因不可抗力（如自然灾害、战争等无法预见且无法避免的情况）或其他正当理由（如重病、重大事故导致申请人无法及时提出申请等）而耽误申请期限的，法律规定申请期限可以从障碍消除之日起继续计算。这意味着在这些特殊情况下，即便超过了原本的六十日期限，甚至可能超过两年，行政复议申请仍然可能被接受，但需要申请人提供充分的证据来证明其延迟是由于不可抗力或合理的正当理由所致。

三、超过两年申请行政复议的实务处理

在实务中，超过两年才提出行政复议申请，通常会被视为超出了合理期限。然而，这并不意味着所有此类申请都会被一概拒绝。行政复议机关在决定是否受理时，会综合考虑多种因素，包括但不限于：

• 申请人的主观意图：是否故意拖延申请期限以获取不当利益。
• 行政行为的性质：是否涉及重大公共利益或对申请人权益有重大影响。
• 证据的充分性：申请人能否提供充分证据证明其延迟是由于不可抗力或合理正当理由所致。

四、其他救济途径

如果行政复议申请因超过期限而被拒绝，当事人并不因此丧失所有法律救济途径。在满足一定条件下，他们仍可以通过行政诉讼等其他方式主张自己的权利。不过，这些途径同样有其特定的起诉期限要求，需要当事人及时了解并遵守。例如，如果法律、法规规定应当先向行政复议机关申请行政复议、对行政复议决定不服再向人民法院提起行政诉讼的，那么当事人需要在收到不予受理决定书之日起或者行政复议期满之日起十五日内，依法向人民法院提起行政诉讼。

总结与建议：

1. 及时申请：为了避免因超过申请期限而丧失法律救济的机会，建议您在知道或应当知道行政行为侵犯其合法权益之日起六十日内及时提出行政复议申请。

2. 保留证据：如果因不可抗力或正当理由而耽误了申请期限，务必保留好相关证据，以便在申请行政复议时提供证明。

3. 寻求专业帮助：如果您对行政复议的申请流程、期限规定或证据要求等方面存在疑问，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。