迟到三个小时扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合理且可能违法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与规定
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 该规定明确指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可要求赔偿，但每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在您的情况下，迟到三个小时通常并未直接给用人单位造成经济损失，因此以此为由扣三天工资缺乏合理性和法律依据。
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 这意味着用人单位必须按时足额支付工资，无权随意扣减，更不能以迟到为由进行不合理的扣罚。
二、公司规章制度的合法性
- 用人单位若制定了关于迟到处罚的规章制度，该制度需满足以下条件方为合法有效：
- 内容合理且经过民主程序制定；
- 向全体劳动者公示或告知；
- 处罚措施不违反法律法规的强制性规定。
- 即使规章制度中明确规定了迟到的处罚措施，如扣工资，也需确保这些措施符合法律法规的限定条件，如不得超过当月工资的20%等。扣三天工资很可能超出这一法定比例，从而构成违法行为。
三、劳动者权益保护与应对措施
协商解决：
- 首先，您可以尝试与用人单位进行沟通协商，表达自己的困境和需求，寻求合理的解决方案。
投诉举报：
- 若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。投诉时，请提供相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明劳动关系的存在和扣罚工资的情况。
劳动仲裁或诉讼：
- 若投诉举报未能解决问题，您可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自身合法权益。
四、特殊情况说明
- 如果您的迟到行为确实给用人单位造成了实际经济损失，且用人单位能够提供充分证据证明损失的存在和具体金额，那么用人单位有权要求赔偿。但赔偿金额仍需遵守法律法规的限制，即每月扣除的部分不得超过您当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
总结与建议：
迟到三个小时扣三天工资的做法在绝大多数情况下都是不合理且可能违法的。面对此类情况，您应了解自己的法律权益，并通过合法途径来维护自己的利益。同时，建议您在未来的工作中遵守用人单位的规章制度，尽量避免迟到等违反劳动纪律的行为。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。