核心结论：若已取得合法批准并办理相关手续的自建房中途被叫停施工，可先核实叫停原因，再根据不同原因采取相应措施，包括与相关部门沟通、申请行政复议或提起行政诉讼等。以下是具体情况分析：

1. 核实叫停原因
   • 主动沟通：第一时间与发出叫停通知的部门（如城乡规划部门、建设主管部门等）取得联系，了解叫停施工的具体原因。这可能是因为规划调整、环保要求、施工安全检查不达标、手续存在瑕疵等多种因素。例如，在施工过程中，周边环境发生了变化，原本符合环保要求的施工方式现在可能不符合新的环保标准，从而导致被叫停。
   • 查看文件：仔细查看叫停通知文件，上面通常会明确说明依据的法律法规以及具体的违规事项。比如，文件可能指出你的自建房建设超出了批准的建筑面积或者建筑高度，违反了城乡规划相关规定。
2. 针对不同原因采取措施
   • 因规划调整等政策性原因：如果是因为政府规划调整等政策性因素导致叫停，且这种调整是出于公共利益的需要，如建设公共设施、改善城市交通等。在这种情况下，你可能需要配合政府的工作，与相关部门协商解决方案。例如，政府可能会提供一定的补偿或者协助你重新选址建设。同时，你可以要求政府出具相关的规划调整文件，以明确后续的处理方式和时间节点。
   • 因手续问题被叫停：若发现是手续存在瑕疵导致被叫停，如某些审批文件缺失或者填写错误等。你需要尽快补齐或更正相关手续，然后向相关部门申请恢复施工。例如，如果发现施工许可证上的部分信息填写有误，你可以按照要求提供正确的材料进行更正，并重新提交申请。在补齐手续的过程中，要注意保留好相关的证据，如补办手续的申请记录、与相关部门的沟通记录等，以备后续需要。
   • 对叫停决定有异议：如果你认为叫停决定存在错误或者不合理之处，例如你认为自己的建设行为完全符合法律法规和审批要求，而相关部门却无故叫停。你可以先与相关部门进行协商沟通，表达自己的观点和诉求，争取通过协商解决问题。如果协商无果，你可以根据《行政复议法》的规定，在知道该具体行政行为之日起六十日内向上一级行政机关或者法律、法规规定的行政机关申请行政复议。对行政复议决定不服的，还可以在收到行政复议决定书之日起十五日内向人民法院提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在申请行政复议或提起行政诉讼时，要准备好相关的证据材料，如合法批准文件、施工手续、叫停通知等，以支持自己的主张。

在整个过程中，要保持冷静和理性，积极配合相关部门的调查和处理工作，同时也要依法维护自己的合法权益。如果你在处理过程中遇到任何疑问或困难，都可以直接向我咨询。