在支付工程款后对方不开票导致税务损失的情况下，法院会根据具体证据和法律规定，判定对方承担相应的民事赔偿责任，包括赔偿税务损失及可能产生的滞纳金、罚款等间接损失。以下从不同角度详细分析：

一、法律关系与责任认定

1. 合同约定优先
   若双方在工程合同中明确约定“收款方需开具合法发票，否则承担税务损失赔偿责任”，则法院会直接依据合同条款判决。例如：

   • 合同约定“工程款支付后30日内开具增值税专用发票，逾期按日支付0.1%违约金”，若对方未履行，法院可能支持违约金及实际税务损失（如因无法抵扣进项税导致的多缴税款）。
     
   • 若合同未明确约定，但行业惯例或双方交易习惯中包含开票义务，法院可能推定开票为合同附随义务，对方仍需承担责任。

2. 无合同约定时的处理
   即使合同未明确约定，根据《民法典》第五百九十九条（出卖人义务）及《税收征收管理法》第二十一条（发票管理规定），收款方作为纳税义务人，有义务向付款方开具发票。若因未开票导致付款方税务损失（如无法税前扣除、多缴税款等），法院可能认定收款方构成违约或侵权，需赔偿实际损失。

二、税务损失的赔偿范围

法院判决的赔偿范围通常包括：

1. 直接损失：因未开票导致的多缴税款（如无法抵扣的增值税、企业所得税税前扣除受限等）。
   
2. 间接损失：
   
   • 税务机关对付款方未取得发票的处罚（如罚款、滞纳金）；
     
   • 为补救税务问题产生的合理费用（如委托第三方补开发票的费用、税务筹划费用等）。
     

示例：若因未取得发票导致企业所得税多缴10万元，且税务机关对付款方罚款2万元，法院可能判决收款方赔偿12万元及利息。

三、举证责任与证据要求

付款方需承担举证责任，证明：

1. 双方存在工程款支付关系（如合同、付款凭证）；
   
2. 收款方未履行开票义务（如催告记录、对方拒绝开票的书面证据）；
   
3. 实际税务损失金额（如税务机关出具的纳税证明、补税凭证、罚款通知书等）。
   

提示：若付款方未主动索要发票或存在其他过错（如明知对方无开票能力仍付款），法院可能酌情减轻收款方责任。

四、实务建议

1. 合同中明确开票条款：约定开票时间、税率、违约责任（如违约金比例、赔偿范围），避免争议。
   
2. 及时催告并留存证据：若对方未开票，立即通过书面形式催告，并保留催告记录（如邮件、短信、律师函）。
   
3. 税务合规处理：若对方拒不开票，可向税务机关举报（如拨打12366），或通过法院起诉要求对方开票并赔偿损失。
   

如有具体案件细节（如合同条款、损失金额等），可进一步向我咨询，我会结合证据提供详细分析。