建设工程竣工验收后未备案，两年后是否要处罚，需分情况讨论：
若未备案行为未造成危害后果且未持续：
- 根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。因此，如果竣工验收后未备案的行为在两年内未被发现，且该行为未造成危害后果，也未持续存在，那么两年后通常不会受到行政处罚。
若未备案行为具有持续状态或造成危害后果：
- 持续状态：如果竣工验收后未备案的行为一直持续存在，比如工程一直未进行备案且持续使用，那么该行为属于有连续或者继续状态的违法行为。根据《行政处罚法》第三十六条，此类违法行为的追诉时效从行为终了之日起计算。因此，即使超过两年，只要该行为仍在持续，行政机关仍可依法进行处罚。
- 危害后果：如果未备案的行为导致了危害后果，比如因未备案导致工程质量问题引发安全事故，那么根据《行政处罚法》第三十六条，涉及公民生命健康安全且有危害后果的，追诉期限延长至五年。在此情况下，即使超过两年，只要在五年内被发现，行政机关仍可依法作出处罚。
法律背景与建议：
- 法律背景：竣工验收备案是建设工程的重要环节，它不仅是建设单位对工程质量负责的表现，也是工程合法投入使用的前提。未进行竣工验收备案可能违反相关法律法规，并可能面临行政处罚。
- 建议：为避免不必要的法律风险，建设单位应严格按照规定进行竣工验收备案。如果因特殊原因未能及时备案，应尽快补办相关手续，并咨询专业法律人士以了解可能的法律后果和应对策略。同时，建设单位在未来的项目中应加强合规管理，确保所有工程活动都符合法律法规的要求。
可能面临的法律后果：
- 如果因未备案而面临行政处罚，建设单位可能需要承担罚款、责令改正等责任。此外，如果因未备案导致工程质量问题或安全事故，建设单位还可能面临民事赔偿和刑事责任等更严重的法律后果。
综上所述，建设工程竣工验收后未备案两年后是否要处罚，取决于未备案行为的性质、是否持续以及是否造成危害后果。建设单位应高度重视竣工验收备案工作，确保合法合规地进行工程建设和使用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。