公司扣薪制度确实可能会影响离职工资，但具体影响需视扣薪制度的合法性及实施情况而定。以下从多个角度为你详细分析：
一、合法扣薪制度对离职工资的影响
合法扣薪的情形：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司因员工违纪、造成经济损失等合法原因，可以按照规定扣除部分工资。这种合法的扣薪制度，在员工离职时，会按照实际扣除后的金额结算离职工资。
- 例子：若员工因严重违反公司规章制度被扣除当月奖金，那么离职时，该部分被扣除的奖金将不会计入离职工资。
合法扣薪的限度：
- 即使扣薪制度合法，公司扣除工资的比例也受到严格限制。一般来说，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 计算公式：若员工月工资为W，合法扣除的最大金额为\(W \times 20\%\)，且扣除后工资不低于当地最低工资标准M，即\(W - 扣除金额 \geq M\)。
二、非法扣薪制度对离职工资的影响
非法扣薪的情形：
- 如果公司的扣薪制度违反了法律法规，如无故克扣工资、以罚款为目的扣薪等，这种扣薪制度是无效的。员工在离职时，有权要求公司全额支付应得工资，包括被非法扣除的部分。
- 例子：若公司以“员工未参加培训”为由无故扣除工资，而该培训并非员工职责范围内或未提前告知员工，则这种扣薪行为属于非法。
非法扣薪的后果：
- 员工不仅可以要求公司支付被非法扣除的工资，还可以根据《劳动合同法》等相关法律法规，要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
- 经济补偿金计算：若因公司非法扣薪导致员工解除劳动合同，经济补偿金按员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
三、特殊情况下的扣薪与离职工资
员工主动离职：
- 若员工主动提出离职，且公司扣薪制度合法且已提前告知员工，那么离职工资将按照实际扣除后的金额结算。
- 若员工因公司非法扣薪而主动离职，除要求支付被扣除的工资外，还可要求公司支付经济补偿金。
公司单方面解除劳动合同：
- 若公司因员工严重违纪等原因单方面解除劳动合同，且扣薪制度合法，那么离职工资将按照实际扣除后的金额结算。
- 若公司单方面解除劳动合同的理由不成立或扣薪制度非法，员工有权要求公司支付全额工资及经济补偿金或赔偿金。
总结与建议：
- 公司在制定和实施扣薪制度时，必须严格遵守法律法规，确保扣薪的合法性和合理性。
- 员工在离职时，应仔细核对工资条，确保公司未非法扣除工资。若发现非法扣薪行为，应及时向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。