结论前置：补贴未通知员工直接扣除，一般是不合法的，但具体是否合法需根据补贴的性质、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、补贴的性质与劳动合同的约定
补贴性质：
- 补贴通常是企业为了补偿员工因工作产生的额外费用或提高员工的生活水平而给予的额外报酬。
- 补贴的种类多样，如交通补贴、通讯补贴、餐补等，其性质可能因企业规定和实际情况而有所不同。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与企业之间约定双方权利和义务的法律文件。
- 如果劳动合同中明确规定了补贴的发放条件、方式和金额，且未提及企业可以单方面扣除补贴的情况，那么企业未经员工同意直接扣除补贴可能构成违约。
二、相关法律法规的规定
《劳动法》与《劳动合同法》：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，企业应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 补贴作为劳动报酬的一部分，企业未经员工同意不得擅自扣除。
其他相关法律法规：
- 除了《劳动法》和《劳动合同法》外，还可能存在其他与补贴发放和扣除相关的法律法规或地方性法规。
- 这些法规可能对补贴的发放条件、扣除程序等作出具体规定，企业需遵守相关规定。
三、企业扣除补贴的合法情形
员工同意：
- 如果企业事先与员工协商一致，并取得了员工的书面同意，那么企业可以在特定情况下扣除补贴。
法律法规或劳动合同明确规定：
- 如果法律法规或劳动合同中明确规定了企业可以扣除补贴的情形（如员工违反企业规章制度、造成企业损失等），且企业按照规定的程序进行了扣除，那么这种扣除可能是合法的。
四、法律建议与后果
法律建议：
- 企业应确保在扣除补贴前与员工进行充分沟通，并取得员工的同意或确保扣除行为符合法律法规和劳动合同的约定。
- 员工在发现企业未经同意扣除补贴时，应及时与企业沟通协商，要求企业补发补贴或采取其他合法措施维护自己的权益。
法律后果：
- 如果企业未经员工同意擅自扣除补贴，且不符合法律法规或劳动合同的约定，那么企业可能面临劳动争议仲裁或诉讼的风险。
- 在劳动争议仲裁或诉讼中，企业可能需要承担补发补贴、支付赔偿金等法律责任。
综上所述，补贴未通知员工直接扣除一般是不合法的，但具体是否合法需根据补贴的性质、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定来判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。