核心结论：体制内辞职若未按规定流程越过主要领导，可能面临程序违规风险，需根据具体情况采取补救措施或承担相应后果。以下分情况说明：

1. 若尚未提交正式辞职申请，建议优先补全流程

根据《公务员法》及事业单位人事管理条例，体制内人员辞职通常需向直接领导（如部门负责人）提交书面申请，经其签署意见后逐级上报审批。若您已越过主要领导直接向更高层级提交申请，可能被视为程序瑕疵，建议：

• 主动沟通：向主要领导说明情况（如因紧急原因未提前汇报），补交书面申请并表达尊重，避免因程序问题影响审批进度；
• 补正材料：若上级单位已受理申请，可同步向主要领导提交情况说明，确保流程合规性。

2. 若已越过主要领导且申请进入审批阶段，需评估后果风险

若申请已被更高层级单位接收，可能面临两种结果：

• 审批通过：若最终获批，程序瑕疵可能被默许，但可能影响您与原单位领导的关系，建议后续工作中主动修复信任；
• 审批驳回：若上级单位要求补全流程（如需主要领导签署意见），则需返回原单位重新办理，此时需积极配合，避免因拖延影响离职进度。

法律依据：
根据《公务员法》第八十五条，公务员辞职需“按照管理权限审批”，未履行规定程序可能被认定为无效申请；事业单位人员参照《事业单位人事管理条例》第十七条，需“经单位同意”后方可办理离职手续。

3. 若已离职但存在程序瑕疵，需关注后续影响

若您已实际离职但未按规定经主要领导审批，可能面临：

• 档案问题：离职证明、干部调动表等材料可能因程序不全被卡，影响新单位入职；
• 责任追溯：若原单位以“擅自离职”为由追究责任（如扣发工资、影响社保转移），需通过协商或法律途径解决。

建议行动：

• 立即联系原单位人事部门，说明情况并补交材料；
  
• 保留书面沟通记录（如邮件、短信），作为程序合规性的辅助证据；
  
• 若原单位拒绝配合，可向同级人社部门或纪检监察部门反映情况。

4. 特殊情形：主要领导存在违法违规行为时的处理

若您越过主要领导是因其存在阻挠离职、索贿等违法行为，需：

• 收集证据：如录音、聊天记录、证人证言等，证明领导存在过错；
  
• 向上级举报：通过单位纪检监察组或上级主管部门反映问题，同时提交辞职申请；
  
• 法律救济：若因领导违法行为导致离职受阻，可依据《公务员法》第九十五条申请复核或申诉。

总结：体制内辞职需严格遵循流程，越过主要领导可能带来程序风险，但通过主动沟通、补正材料或法律途径可降低负面影响。若您已遇到具体问题，可直接向我说明情况，我将结合细节提供针对性建议。