结论前置：旷工三天是否算自离，以及自离从哪天算起，并非由单一因素决定，而是需综合考虑法律法规与用人单位的规章制度。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
- 无统一规定：我国《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》中，并未直接规定旷工多少天即构成自动离职。因此，不能仅凭旷工三天就直接认定劳动者自动离职。
- 劳动合同解除条件：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位有权解除劳动合同。但“严重违反”的具体标准需由用人单位的规章制度来界定。
- 自动离职的法律定义缺失：法律上并未对“自动离职”给出统一、明确的定义。通常理解为劳动者不告而别、擅自离开工作岗位的行为，但这并不等同于劳动关系自动解除。
二、用人单位规章制度层面
规章制度的制定与效力：
- 用人单位有权制定规章制度，但这些制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向劳动者公示或告知。
- 合法有效的规章制度可以作为确定双方权利义务的依据。
旷工规定的设定：
- 若用人单位在规章制度中明确规定旷工三天属于严重违反规章制度的行为，且该规定合法有效，则用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条的规定，以劳动者严重违反规章制度为由解除劳动合同。此时，自离的起始时间通常从旷工满三天的次日起算，但具体还需看规章制度中的具体规定。
- 若规章制度无此规定或规定不合法（如未经民主程序制定、未向劳动者公示等），则用人单位不能仅凭旷工三天就认定劳动者自动离职。
时间计算方式：
- 自然日计算：旷工天数以自然日为单位，包括工作日、周末及法定节假日。例如，员工从周一开始旷工，至周三已连续旷工3天（若公司制度规定连续旷工3天即自离，则自离从周四起算）。
- 连续与累计规则：部分公司可能规定连续旷工3天或一个月内累计旷工达到一定天数（如5天）即视为自离。此时，需根据具体规定来确定自离的起始时间。
三、实际操作建议
- 沟通与了解：面对劳动者旷工的情况，用人单位应首先与劳动者沟通，了解其旷工的原因，并尝试解决问题。
- 依法处理：若劳动者确实存在严重违反公司规章制度的行为，且公司规章制度有明确规定，用人单位应依法单方面解除劳动合同，并确保支付劳动者正常工作时间期间的工资。同时，无需支付经济补偿金。在解除劳动合同时，应明确告知劳动者自离的起始时间。
- 完善规章制度：用人单位应不断完善自身的规章制度，确保规定的合法性、合理性和可操作性。在制定规章制度时，应明确旷工多少天构成自离以及自离的起始时间计算方式等关键条款。
示例说明：假设某公司规章制度中明确规定“连续旷工3天或一个月内累计旷工5天即视为自动离职”，且该规定已经过民主程序制定并向劳动者公示。若某员工连续旷工3天，则从旷工满3天的次日起（即第4天）视为自动离职；若该员工在一个月内累计旷工5天（可能分散在多个时间段），则从累计旷工满5天的次日起视为自动离职。
总结：旷工三天是否算自离以及自离的起始时间，需根据用人单位的规章制度及法律规定来判断。用人单位在制定和执行规章制度时，应确保其合法性和有效性，以保障双方的合法权益。若您有更多关于劳动工伤或劳动仲裁的问题，欢迎直接向我咨询。