旷工三天自离的工资计算，需根据公司的合法规章制度和劳动合同来决定，同时需遵守国家相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 工资计算的基本原则：

   • 根据《劳动法》及相关规定，薪酬分配应遵循按劳取酬原则。员工提供了劳动，就有权获得相应的报酬。
   • 旷工期间，员工未提供劳动，因此这部分工资不应计入薪资计算范畴。

2. 旷工工资的扣除：

   • 用人单位不能因旷工扣除员工全部工资。根据《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 若公司有明确的旷工处罚规定（如罚款），需在扣除旷工工资后，按照不超过薪资收入20%的比例执行罚款，同时确保剩余工资不低于最低工资标准。

3. 公司规章制度的影响：

   • 如果公司的规章制度经过了合法程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定等），并向劳动者进行了公示，且其中明确规定了旷工的处理方式（如旷工三天自离扣除一定比例工资），则公司可按照此规定执行。
   • 若规章制度不合法或未经合法程序制定，即使规定了旷工扣工资的标准，也不能作为扣工资的依据。

4. 具体计算示例：

   • 假设员工月工资为5000元，每月计薪天数为21.75天，当月正常出勤15天，旷工3天。
   • 正常出勤工资计算：\(5000 \div 21.75 \times 15 \approx 3448.28\)（元）。
   • 旷工期间工资扣除：旷工3天，不计入薪资计算范畴，即扣除\(5000 \div 21.75 \times 3 \approx 689.66\)（元）（此部分为旷工期间本应获得的工资，实际不支付，而非额外扣除）。
   • 若公司有罚款规定，且罚款比例合法（如罚款不超过当月工资的20%），则罚款金额最多为\(5000 \times 20\% = 1000\)（元）。但需注意，罚款后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 最终工资计算：在无罚款或罚款合法的情况下，员工应得工资为正常出勤工资（已扣除旷工期间不支付的工资部分），即约3448.28元（具体数额可能因计薪方式、最低工资标准等因素有所调整）。若存在合法罚款，则需从正常出勤工资中进一步扣除罚款金额，但确保剩余工资不低于最低工资标准。

5. 员工权益保护：

   • 如果用人单位扣除工资的行为不合理、不合法，劳动者有权通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
   • 劳动者在面临工资扣除争议时，应先与公司的人力资源部门沟通，了解详细的计算方式和依据。若存在争议且无法协商解决，可考虑通过法律途径解决。

总结与建议：旷工三天自离的工资计算需综合考虑公司规章制度、劳动合同以及国家法律法规。在处理此类问题时，用人单位应确保扣款行为的合法性和合理性，劳动者也应了解自己的权益和义务。如有任何疑问或争议，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。