公司若未回复法院协助调查通知书，法院可根据情节轻重对公司及直接责任人员采取罚款、拘留等处罚措施，构成犯罪的还将依法追究刑事责任。具体分析如下：

1. 处罚依据
   根据《中华人民共和国民事诉讼法》第117条，有义务协助调查的单位拒绝或妨碍法院调查取证的，法院除责令其履行协助义务外，还可对其处以罚款。对单位的罚款金额为人民币5万元以上100万元以下，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处10万元以下罚款。若情节严重构成犯罪（如拒不执行判决、裁定罪），还将依法追究刑事责任。

2. 处罚程序
   法院通常会先通过书面或口头形式催告公司履行协助义务。若公司仍不配合，法院会直接作出处罚决定，罚款决定书会送达公司及直接责任人员。若公司对处罚不服，可在收到决定书后5日内向上一级法院申请复议，但复议期间不停止执行。

3. 实务建议
   公司收到协助调查通知后，应立即核对通知内容，确认自身是否有协助义务（如提供文件、配合取证等）。若存在客观困难（如文件灭失、人员变动等），需及时书面说明理由并附证据，避免被认定为“拒绝协助”。若对通知内容有异议，建议通过法律程序提出，而非直接拒绝。

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