结论：若人保保单中明确投保了“发动机进水损坏除外特约条款”，那么在发动机进水的情况下，保险公司通常不会进行赔付。但具体是否赔付，还需结合事故发生的具体情况以及车主的后续操作来综合判断。

详细分析：

1. 特约条款的效力：

   • “发动机进水损坏除外特约条款”是一种特别约定，它排除了发动机进水损坏这一特定风险在保险赔偿范围内的可能性。一旦投保了此条款，就意味着车主同意在发动机进水导致损坏时，保险公司不承担赔偿责任。

2. 事故发生的具体情况：

   • 车辆停放时被淹：即使投保了上述特约条款，但如果车辆是在停放状态下被淹，且这种淹水并非由于车主的故意或重大过失导致，那么根据保险法的相关规定，保险公司可能仍需对车辆的整体损失（除发动机进水损坏外）进行赔偿。但具体是否赔偿发动机进水损坏，仍需依据特约条款的约定。
   • 车辆行驶过程中发动机进水：若车辆在行驶过程中发动机进水，且投保了上述特约条款，那么保险公司通常不会对发动机进水导致的损坏进行赔偿。因为特约条款已经明确排除了这一风险。

3. 车主的后续操作：

   • 发动机进水后二次启动：无论是否投保了上述特约条款，如果发动机进水后车主进行了二次启动，导致发动机损坏进一步扩大，那么保险公司通常会对这部分扩大损失免责。因为这属于人为扩大损失的行为。

法律建议：

• 仔细阅读保险合同：车主在购买保险时，应仔细阅读保险合同条款，特别是关于赔偿范围、免责条款等关键信息。确保自己了解并同意合同中的各项约定。
• 及时通知保险公司：车辆发动机进水后，车主应尽快联系保险公司，并按照保险公司的指引进行处理和索赔。若未在规定时间内通知保险公司，可能导致保险公司无法准确核定损失情况，从而影响赔偿。
• 遵循保险公司指引：在处理事故和索赔过程中，车主应遵循保险公司的指引和要求，以确保顺利获得赔偿。

可能后果：

• 如果车主在投保时未仔细阅读合同条款，或未充分了解特约条款的内容，可能在发动机进水后发现无法获得赔偿，从而遭受经济损失。
• 如果车主在发动机进水后进行了二次启动等不当操作，可能导致保险公司免责，进一步扩大损失。

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