结论：工程做完两年后业主拿出合同称多付了钱，这一情况是否合理，需结合合同条款、实际履行情况、双方沟通记录及法律规定等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、合同条款的审查

1. 合同约定：首先，应仔细审查工程合同中关于付款方式、付款时间、付款金额等条款的具体约定。如果合同中明确规定了付款的具体金额和方式，且业主的付款行为与合同约定不符，那么业主主张多付了钱可能有一定的合同依据。

2. 变更与补充协议：在合同履行过程中，双方可能就付款等事项达成变更或补充协议。如果存在这样的协议，且业主的付款行为符合变更或补充协议的内容，那么业主的主张可能同样具有合理性。

二、实际履行情况的考察

1. 付款记录：业主应提供详细的付款记录，包括付款时间、付款金额、付款方式等，以证明其确实多付了钱。同时，施工方也应提供相应的收款记录，以核对业主的付款情况。

2. 工程量与价款：如果工程合同中约定的是按工程量计价，那么应核对实际完成的工程量与合同约定的工程量是否一致。如果实际工程量少于合同约定，而业主却按照合同约定的价款支付了款项，那么业主主张多付了钱可能成立。

三、双方沟通记录的审查

1. 沟通内容：在工程履行过程中，双方可能就付款等事项进行过沟通。应审查这些沟通记录，看双方是否就付款金额、付款时间等事项达成过一致意见。如果沟通记录显示业主确实同意支付更多的款项，那么其主张多付了钱可能不成立。

2. 沟通方式：沟通方式也可能影响双方的权利义务。例如，如果双方通过书面形式就付款事项进行了确认，那么这种确认可能具有更高的法律效力。

四、法律规定的适用

1. 诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。如果业主在工程完工两年后才主张多付了钱，且没有诉讼时效中断、中止等法定情形，那么其主张可能因超过诉讼时效而得不到法院的支持。但需注意，若双方存在持续的沟通或协商，可能构成诉讼时效的中断。

2. 不当得利：如果业主确实多付了钱，且施工方没有合法依据取得这笔款项，那么根据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利的规定，业主有权要求施工方返还多付的款项。

五、建议与措施

1. 协商解决：建议双方首先通过协商的方式解决争议。可以邀请第三方机构或专业人士进行调解，以达成双方都能接受的解决方案。

2. 法律途径：如果协商无果，业主可以考虑通过法律途径解决争议。可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求施工方返还多付的款项。在诉讼或仲裁过程中，应提供充分的证据证明自己的主张。

总结：工程做完两年后业主拿出合同称多付了钱是否合理，需结合合同条款、实际履行情况、双方沟通记录及法律规定等多方面因素综合判断。如果业主确实多付了钱且没有合法依据，那么其有权要求施工方返还多付的款项。但具体是否合理还需根据具体情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。