在工伤认定过程中，公司需要配合的工作主要包括以下几个方面，以确保工伤认定的顺利进行和职工的合法权益得到保障：
一、及时提交工伤认定申请
根据《工伤保险条例》的相关规定，职工发生事故伤害或被诊断、鉴定为职业病后，所在单位应自事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是公司首先需要履行的责任，也是工伤认定流程的重要一环。
二、提供劳动关系证明材料
在申请工伤认定时，公司需要提供与受伤职工存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料。这通常包括劳动合同、工资支付凭证、工作证、招工登记表、考勤记录等。这些材料是证明职工与公司之间存在劳动关系的关键证据，对于工伤认定的成功至关重要。
三、配合社会保险行政部门的调查核实工作
社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，可能会对事故伤害进行调查核实。在这个过程中，公司需要负责安排相关人员配合工作，据实提供情况和证明材料。这包括但不限于：
安排相关人员接受询问：社会保险行政部门可能会要求公司安排受伤职工的同事、上级或相关负责人接受询问，以了解事故发生的经过和原因。
提供事故现场资料：如果可能的话，公司应提供事故现场的照片、视频或相关记录，以帮助社会保险行政部门更直观地了解事故情况。
提供医疗诊断证明：公司应协助受伤职工获取并提交医疗诊断证明或职业病诊断证明书，这是工伤认定的重要依据。
四、协助处理工伤认定争议
如果工伤认定过程中出现争议，如公司对工伤认定结论不服或职工对不予受理的决定有异议，公司应积极协助职工或相关方依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护双方的合法权益。
五、承担未按时申请工伤认定的责任
如果公司未在规定的时限内提交工伤认定申请，根据《工伤保险条例》的规定，在此期间发生符合规定的工伤待遇等有关费用将由公司负担。因此，公司应高度重视工伤认定申请的时限要求，确保及时提交申请。
概括起来，公司在工伤认定过程中需要积极配合社会保险行政部门的工作，提供必要的证明材料和协助调查核实，以确保工伤认定的顺利进行和职工的合法权益得到保障。同时，公司也应加强内部管理，提高安全意识，预防工伤事故的发生。