针对多起同一罪名不同主体虚开案，但由同一人开具，是否分别计算追诉期的问题，结论如下：
追诉期的计算原则：
- 追诉期，即追诉时效，是指刑法规定的，对犯罪人进行刑事追究的有效期限。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
- 追诉期的计算，通常是从犯罪之日起计算；犯罪行为有连续或者继续状态的，从犯罪行为终了之日起计算。在连续犯的情况下，追诉期限从犯罪行为终了之日起计算，且连续犯的追诉期限不受单次犯罪行为追诉期限的限制，而是以整体犯罪行为的终了之日为起点。
针对多起同一罪名不同主体虚开案的处理：
- 若该同一人实施的多起虚开行为，虽然针对不同主体，但构成连续犯（即基于同一的或者概括的犯罪故意，连续多次实施犯罪行为，触犯同一罪名的犯罪），则追诉期限应从最后一次虚开行为终了之日起计算，而不是分别计算每起虚开行为的追诉期。
- 若该同一人实施的多起虚开行为，不构成连续犯，而是独立的多起犯罪行为，且每起行为之间缺乏连续性或继续性，那么理论上每起虚开行为都应独立计算追诉期。但这种情况在实践中较为少见，因为虚开犯罪往往具有连续性或继续性的特征。
具体应用中的考量因素：
- 犯罪行为的连续性：判断多起虚开行为是否构成连续犯，关键在于行为人是否基于同一的或概括的犯罪故意，以及行为之间是否具有时间上的紧密联系和性质上的相似性。
- 追诉期限的起算点：在构成连续犯的情况下，追诉期限的起算点应为最后一次虚开行为终了之日，这有助于确保对犯罪行为的全面追诉和惩罚。
- 证据的收集与保存：无论追诉期限如何计算，都需要有充分的证据来证明犯罪行为的存在和犯罪人的身份。因此，在处理此类案件时，应重视证据的收集和保存工作。
建议：
- 对于涉及多起同一罪名不同主体虚开案的情况，建议尽快咨询专业律师，以便准确判断犯罪行为的性质、追诉期限的起算点以及可能的法律后果。
- 若行为人涉嫌构成连续犯，应尽快向公安机关投案自首，并如实供述自己的犯罪行为，以争取从轻或减轻处罚的机会。
- 在处理此类案件时，应积极配合司法机关的调查和审判工作，提供必要的证据和线索，以促进案件的公正处理。
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