结论前置：马铃薯秋收结束后，若发现种薯存在质量问题，仍然可以起诉，但需注意诉讼时效、证据收集及因果关系证明等关键问题。以下从多个角度详细分析：
一、诉讼时效问题
一般诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从您知道或应当知道种薯质量问题导致损害之日起三年内，您有权提起诉讼。
诉讼时效的起算点：关键在于确定您“知道或应当知道”种薯存在质量问题的时间点。如果秋收结束后才发现问题，且能证明此前确实不知情，那么诉讼时效可能从秋收结束时开始计算。但需注意，若种薯质量问题在种植过程中即已显现，而您因疏忽未及时发现，则可能从问题显现时起算诉讼时效。
二、证据收集问题
种薯质量证据：您需要收集能够证明种薯存在质量问题的证据，如种薯的购买记录、质量检测报告、专家鉴定意见等。这些证据将直接支持您的诉讼请求。
损害后果证据：同时，您还需提供因种薯质量问题导致的损害后果证据，如马铃薯产量减少、品质下降、销售受阻等。这些证据将用于证明您的实际损失。
三、因果关系证明
直接因果关系：您需要证明种薯质量问题与损害后果之间存在直接的因果关系。这可能需要通过专家鉴定或科学实验来证实。
排除其他因素：在证明因果关系时，您还需排除其他可能导致损害后果的因素，如气候、土壤、种植技术等。这有助于确保您的诉讼请求得到法院的支持。
四、法律建议
及时咨询律师：鉴于诉讼时效和证据收集的重要性，建议您在发现种薯质量问题后尽快咨询专业律师，以便及时采取行动。
全面收集证据：在律师的指导下，全面收集与种薯质量、损害后果及因果关系相关的证据，确保您的诉讼请求有充分的事实依据。
考虑调解或仲裁：在提起诉讼前，您也可以考虑与对方进行调解或仲裁，以更快地解决纠纷并降低诉讼成本。
五、可能面临的法律后果
胜诉：如果您能提供充分的证据证明种薯存在质量问题且该问题导致了损害后果，法院可能会支持您的诉讼请求，要求对方承担赔偿责任。
败诉：如果您无法提供充分的证据或诉讼时效已过，法院可能会驳回您的诉讼请求。因此，及时行动和充分准备至关重要。
总结：马铃薯秋收结束后发现种薯质量问题，您仍然有权起诉，但需注意诉讼时效、证据收集及因果关系证明等关键问题。建议您尽快咨询专业律师，以便在全面了解法律情况和自身权益的基础上，做出明智的决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。