结论前置：即使伪劣种子的款项已经退还，您仍然有权向法院提起诉讼。

详细分析：

1. 法律基础与权利保护：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国种子法》的相关规定，销售伪劣种子属于违法行为，购买者有权要求赔偿损失。这种赔偿不仅限于种子款本身，还可能包括因使用伪劣种子而导致的其他直接经济损失，如种植成本、预期收益损失等。
   • 退款只是解决了种子款的问题，但并未涵盖所有可能的损失。因此，即使种子款已经退还，您仍有权就其他损失向法院提起诉讼。

2. 诉讼时效与证据收集：

   • 诉讼时效是提起诉讼的重要考虑因素。根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，在发现伪劣种子并遭受损失后的三年内，您都有权向法院提起诉讼。
   • 在提起诉讼前，您需要收集并保存好相关证据，如购买种子的凭证、种子质量问题的证明（如鉴定报告）、因使用伪劣种子而导致的损失证明等。这些证据将有助于支持您的诉讼请求。

3. 诉讼流程与可能结果：

   • 提起诉讼后，法院将依法审理案件，并根据双方提供的证据和法律规定作出判决。如果法院认定销售者确实销售了伪劣种子，并给您造成了损失，那么销售者可能需要承担赔偿责任。
   • 赔偿的范围将根据您的实际损失和法院的判决来确定，可能包括种子款、种植成本、预期收益损失等。

4. 其他法律途径：

   • 除了向法院提起诉讼外，您还可以考虑向当地农业行政主管部门投诉，要求其对销售伪劣种子的行为进行查处。这不仅可以维护您的合法权益，还可以对其他潜在受害者起到警示作用。

法律建议：

• 如果您决定向法院提起诉讼，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解诉讼流程和可能的结果，以及如何收集和保存证据。
• 在提起诉讼前，您可以尝试与销售者进行协商，看是否能够达成和解协议，以节省时间和精力。但如果协商无果，那么提起诉讼将是维护您合法权益的有效途径。

可能法律后果：

• 如果法院认定销售者确实存在违法行为，并给您造成了损失，那么销售者可能需要承担赔偿责任。这将有助于弥补您的经济损失，并维护市场的公平竞争秩序。
• 如果销售者拒绝履行判决或无力履行判决，您还可以申请法院强制执行，以确保您的合法权益得到切实保障。