结论前置：公司注册5000万是完全合法的，但需遵循相关法律法规，确保注册资本的认缴与实缴符合规定，并理解其背后的法律责任与影响。
一、注册资本的合法性基础
根据《公司法》及相关规定，公司的注册资本是全体股东认缴的出资额总和，可以是货币、实物、知识产权、土地使用权等可用货币估价并依法转让的非货币财产。自2014年3月1日起，公司注册资本实行认缴登记制，除非特定行业有最低限额要求，否则无需在公司成立时立即实缴全部资本，也无需验资。因此，公司注册5000万，只要股东按照公司章程的规定进行认缴，并依法履行出资义务，就是完全合法的。
二、注册资本5000万的法律意义与影响
增强商业信誉与拓展业务：
- 较高的注册资本（如5000万）能显著提升企业在市场中的信誉度，增加合作伙伴和客户的信任，从而带来更多合作机会。
- 在某些行业，特别是金融、建筑等领域，高注册资本是进入特定市场或获取业务资质的必备条件。
吸引投资与融资能力：
- 对于投资者而言，高额注册资本往往意味着企业具有更大的发展潜力和较强的抗风险能力，因此更容易吸引投资。
法律责任与风险：
- 出资责任：股东需按公司章程规定的时间和方式足额缴纳注册资本。未履行或未全面履行出资义务的，除应补缴外，还需向已足额缴纳的股东承担违约责任。
- 债务承担：在企业资不抵债时，股东需在其认缴的注册资本范围内对公司债务承担责任，即可能需以5000万为限来偿还企业债务。
三、注册资本的实缴与认缴制度
- 实缴制：要求企业在注册时将全部注册资本（如5000万）足额存入公司账户，并经验资机构验证。此制度直观反映企业资金实力，但对资金流动性要求高。
- 认缴制（当前主流）：允许股东自行约定出资时间和方式，给予企业更大的资金运作灵活性。但股东需合理评估自身出资能力，确保按时足额出资。在认缴制下，虽然不要求立即实缴全部注册资本，但在某些情况下（如特定行业许可、银行贷款等），可能需要提供部分或全部实缴资本的证明。
四、实际应用中的建议
- 设立公司时：应根据行业特点、业务需求及自身资金状况，合理规划注册资本金额及出资方式。避免盲目追求高注册资本而忽视实际出资能力和经营风险。
- 股权变更时：涉及注册资本增减的，需严格遵循相关法律法规，确保程序合法、出资到位。特别是当股东转让股权时，应确保受让方具备相应的出资能力，并依法办理股权变更登记手续。
- 债务纠纷中：明确股东在注册资本范围内的责任边界，避免不必要的法律风险。当公司出现债务纠纷时，股东应积极配合公司处理债务问题，并依法承担相应责任。
五、税务影响
公司注册时，需按实收资本和资本公积之和的万分之五缴纳印花税。若注册资金5000万全部实缴，则需缴纳2.5万元印花税；若为认缴制，则在实际缴纳出资时按比例缴纳。因此，在规划注册资本时，也应考虑税务成本因素。
综上所述，公司注册5000万是完全合法的，但需遵循相关法律法规，确保注册资本的认缴与实缴符合规定，并理解其背后的法律责任与影响。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。