结论：注册资本1000万的公司进行股权转让给注册资本50万的公司，这一行为本身是合法的，但具体合法性还需考虑股权转让的程序、公司章程的约定以及其他相关法律法规的规定。

详细分析：

1. 股权转让的合法性基础：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。这意味着，股权转让的合法性并不直接取决于受让方的注册资本大小，而是取决于转让程序是否合法、是否符合公司章程的约定以及是否得到了其他股东的同意。

2. 注册资本的影响：

   • 注册资本是公司设立时股东认缴的出资额，它反映了公司的初始资本规模和股东的责任范围。然而，在股权转让过程中，注册资本并不是决定转让合法性的关键因素。重要的是转让双方是否按照法律法规和公司章程的规定履行了相应的程序，如签订股权转让协议、办理工商变更登记等。

3. 公司章程的约定：

   • 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的组织结构、管理方式、股东权利与义务等重要事项。在股权转让方面，公司章程可能对转让程序、转让条件、优先购买权等作出具体规定。因此，在进行股权转让时，必须仔细审查公司章程的相关规定，确保转让行为符合章程要求。

4. 其他相关法律法规的考虑：

   • 除了《公司法》外，股权转让还可能受到《证券法》、《合同法》等相关法律法规的约束。例如，如果转让的股权属于上市公司或非上市公众公司的股份，那么转让行为还需要遵守证券市场的相关规定；如果股权转让协议中存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议可能因违反《合同法》的规定而被撤销或无效。

法律建议：

• 在进行股权转让前，建议转让双方仔细审查公司章程和相关法律法规的规定，确保转让行为合法合规。
• 转让双方应签订详细的股权转让协议，明确转让价格、支付方式、转让时间、违约责任等关键条款。
• 如果涉及其他股东的优先购买权或需要其他股东同意的，应提前与其他股东进行沟通并取得其同意。
• 完成股权转让后，应及时办理工商变更登记手续，确保公司登记信息的准确性。

可能后果：

• 如果股权转让行为违反了法律法规或公司章程的规定，可能会面临被撤销、无效或承担违约责任等法律后果。
• 如果未按照规定办理工商变更登记手续，可能会影响公司登记信息的准确性，进而影响公司的正常运营和股东权益的保护。

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