结论前置：注册资金1200万的公司以50万转让，在实交1200万的情况下，其合法性取决于多个因素，包括但不限于公司的实际资产状况、负债情况、转让双方的真实意图以及是否存在其他违法违规行为。单纯从注册资金和转让价格的角度，无法直接判断转让的合法性。

详细分析：

1. 注册资金与实缴资本：

   • 注册资金1200万表示公司设立时股东承诺出资的总额。
   • 实交1200万意味着股东已经实际缴纳了全部出资。

2. 转让价格的合理性：

   • 转让价格50万与注册资金1200万存在较大差距，但这并不直接决定转让的合法性。
   • 转让价格的合理性需要结合公司的实际资产状况、盈利能力、市场前景等因素综合评估。

3. 可能存在的法律风险：

   • 如果公司存在未披露的负债或法律纠纷，转让可能涉及欺诈或隐瞒，从而构成违法行为。
   • 如果转让过程中存在虚假陈述、伪造文件等行为，也会构成违法。

4. 合法转让的条件：

   • 转让双方应确保转让过程的透明度，充分披露公司的财务状况和法律状况。
   • 转让价格应基于公司的实际价值和双方的真实意愿确定。
   • 转让合同应明确双方的权利和义务，包括但不限于转让价格、付款方式、资产交接等。

5. 建议与注意事项：

   • 在进行公司转让前，建议聘请专业的会计师事务所进行财务审计，以确保公司的财务状况清晰明了。
   • 聘请专业律师进行法律尽职调查，排除潜在的法律风险。
   • 转让双方应签订详细的转让合同，并严格按照合同约定履行各自的义务。

综上所述，注册资金1200万的公司以50万转让，在实交1200万的情况下，其合法性需要综合考虑多个因素。建议转让双方在转让前进行充分的调查和准备，以确保转让的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。