首先，我要明确的是，公司进账的合法性并不仅仅取决于进账的金额大小，而是与进账的来源、性质以及公司的经营行为等多个因素有关。因此，对于“小规模公司进账5000万是否合法”的问题，不能简单地给出肯定或否定的答案。

1. 进账来源的合法性：

   • 如果这5000万是来自于合法的经营收入、投资回报、借款等正当渠道，并且符合公司的经营范围和合同约定，那么这笔进账就是合法的。
   • 如果这笔资金来源于非法活动，如诈骗、洗钱等，那么无论金额大小，都是违法的。

2. 公司经营行为的合规性：

   • 小规模公司在经营过程中必须遵守相关法律法规，包括税法、公司法、会计准则等。
   • 如果公司在经营过程中存在偷税漏税、虚假报销、违规操作等行为，即使进账金额合法，也可能因为经营行为的不合规而触犯法律。

3. 进账后的处理：

   • 公司进账后，需要按照相关法律法规和会计准则进行账务处理，确保资金的合法使用。
   • 如果公司进账后不进行合规的账务处理，或者将资金用于非法用途，那么也可能构成违法。

综上所述，小规模公司进账5000万是否合法，取决于进账的来源、性质以及公司的经营行为等多个因素。因此，我无法直接给出肯定或否定的答案。如果你对具体的进账情况或公司经营行为有疑问，建议详细咨询专业律师或相关机构，以确保合规经营。同时，我也提醒你要时刻关注法律法规的变化，确保公司的经营行为始终符合法律要求。