结论：合同与实发工资不符，到期不续签时，劳动者是否有补偿需分情况讨论，主要取决于不续签的原因以及合同与实发工资不符的具体情形。

1. 合同与实发工资不符，但劳动者主动不续签的情况

• 法律分析：如果劳动合同中约定的工资与实际发放的工资存在不符，但劳动者在合同到期时主动选择不续签，那么根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者通常无权要求用人单位支付经济补偿。因为经济补偿的支付通常与用人单位的过错或违法行为相关联，而劳动者主动不续签并不构成用人单位的过错。
• 建议：在这种情况下，劳动者可以与用人单位协商，要求用人单位按照实际发放的工资标准修改劳动合同，或者要求用人单位补发工资差额。如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 合同与实发工资不符，且用人单位不续签或降低条件续签导致劳动者不续签的情况

• 法律分析：如果劳动合同中约定的工资与实际发放的工资存在不符，且用人单位在合同到期时不愿意续签劳动合同，或者虽然愿意续签但降低了劳动条件（如降低工资、变更工作岗位等），导致劳动者不愿意续签的，那么根据《劳动合同法》第四十六条的规定，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿的标准按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
• 特殊情形：如果合同与实发工资不符是因为用人单位未足额支付工资，且这一行为构成了用人单位的过错，那么即使劳动者主动不续签，也可能有权要求用人单位支付经济补偿。这取决于具体案件的事实和证据，以及法院或仲裁机构的判断。
• 计算公式：经济补偿的计算公式为：经济补偿=工作年限×月工资。其中，工作年限是劳动者在本单位工作的年数，月工资是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
• 建议：在这种情况下，劳动者应当收集相关证据（如工资条、银行流水、劳动合同等），以证明用人单位存在未足额支付工资或降低劳动条件的行为。然后，劳动者可以与用人单位协商要求支付经济补偿，如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 合同与实发工资不符，但双方协商一致不续签的情况

• 法律分析：如果劳动合同中约定的工资与实际发放的工资存在不符，但双方在合同到期时协商一致不续签劳动合同，那么根据《劳动合同法》的相关规定，这种情况通常不涉及经济补偿的支付。因为双方是协商一致解除劳动合同，没有一方存在过错或违法行为。
• 建议：在这种情况下，劳动者可以与用人单位就工资差额、经济补偿等问题进行友好协商，以达成双方都能接受的解决方案。如果协商无果，且劳动者认为自己的权益受到了侵害，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结与提醒：合同与实发工资不符是一个复杂的问题，涉及到劳动者的权益保护和用人单位的合规管理。在处理这类问题时，劳动者应当保持冷静、理性，并收集相关证据以维护自己的合法权益。如果遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。