关于“企业建生产用房占用土地由谁管理”的问题，以下是我的详细解答：

核心结论：企业建生产用房占用土地的管理，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责，同时也可能涉及农业农村主管部门等其他相关部门的职责。

分析说明：

1. 管理主体：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，土地的管理和使用需遵守国家土地管理法规，由县级以上人民政府自然资源主管部门负责土地的管理和监督工作。
   • 对于企业建生产用房占用土地，自然资源主管部门会依据土地管理法规进行审批、监管，确保土地的合法、合规使用。

2. 相关职责：

   • 自然资源主管部门负责土地的规划、利用、保护等管理工作，包括对企业建生产用房占用土地的审批、监督等。
   • 若企业建生产用房涉及农用地转为建设用地，还需按照相关规定办理农用地转用审批手续，这也需要自然资源主管部门的参与和审批。
   • 农业农村主管部门等其他相关部门也可能根据具体情况，对涉及农村土地的使用、保护等方面进行管理。

3. 法律责任：

   • 如果企业未经批准擅自占用土地建生产用房，或者违反土地管理法规进行建设，将可能面临法律责任，包括被责令限期改正、罚款、甚至刑事责任等。
   • 具体法律责任会根据违法行为的性质、情节等因素，由自然资源主管部门或其他相关部门依法进行追究。

综上所述，企业建生产用房占用土地的管理主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责，同时也可能涉及农业农村主管部门等其他相关部门的职责。企业在建设生产用房时，应严格遵守国家土地管理法规，确保土地的合法、合规使用，避免产生法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。