基本农田补划的主体主要是当地人民政府以及地方自然资源主管部门。

具体来说，当永久基本农田被占用时，无论是由于重大建设项目、生态建设还是灾毁等原因，都需要进行补划。这一过程中，当地人民政府扮演着关键角色，它们负责补充划入数量和质量相当的永久基本农田，以确保永久基本农田的总量不减少、质量不降低、布局保持稳定。

同时，地方自然资源主管部门也承担着重要的职责。它们需要按照“数量不减、质量不降、布局稳定”的要求，组织做好永久基本农田的补划工作。这包括实地踏勘论证、核实占用或减少的永久基本农田和拟补划耕地的基本情况，如空间位置、数量、质量、地类等信息，并出具论证意见。补划的永久基本农田必须满足一定的条件，如坡度小于25度、与现有永久基本农田集中连片等，以确保补划的永久基本农田与原有的农田在数量和质量上相当。

综上所述，基本农田补划的主体是当地人民政府和地方自然资源主管部门，它们共同协作，确保永久基本农田的保护和合理利用。