工程结算单并非只有加盖公章才有效，其效力需根据具体情况判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、通常情况下公章效力较高，但项目章在特定条件下也有效
公章的法律效力：
- 公章是公司对外行使权力的象征，具有最高的法律效力。在工程结算单上加盖公章，通常意味着公司对结算内容的认可和确认，因此具有最强的证明力。
项目章的效力条件：
- 项目章主要用于特定项目的内部管理和事务性文件处理。若在相关合同或协议中明确约定项目章在工程结算等特定事项上具有与公章或合同专用章同等的法律效力，或者公司在以往的交易习惯中一直认可项目章在结算单上的使用效力，则盖有项目章的工程结算单也具有法律效力。
- 例如，在某小型建筑工程中，若建设单位和施工单位在整个施工期间的所有涉及工程事务的文件都是加盖项目部章来确认，且双方也按照这些文件履行了各自的义务，则在工程结算时，施工单位在结算文件上加盖项目部章，该结算文件通常具有法律效力。
二、存在效力瑕疵的情况
合同明确约定：
- 如果双方签订的建设工程合同中明确约定了工程结算必须加盖公司公章或合同专用章才有效，那么仅加盖项目部章的结算文件可能会被认定为无效。
- 实例：甲乙双方签订的《建设工程施工合同》中若明确约定所有涉及工程价款结算的文件必须加盖双方公司公章方为有效，则乙方（施工单位）仅在结算文件上加盖项目部章时，甲方有权以不符合合同约定为由对该结算文件不予认可。
相对方未尽合理审查义务：
- 如果相对方知道或者应当知道项目部章不能代表施工单位进行工程结算，却仍然接受加盖项目部章的结算文件，可能会影响结算文件的效力。
- 实例：若建设单位已收到施工单位的书面通知，明确告知项目部章仅用于工程资料管理，不得用于工程结算，但建设单位仍然接受加盖项目部章的结算文件，则该结算文件的效力可能不被法院认可。
无代理权或超越代理权：
- 如果加盖项目部章的人员没有得到施工单位的授权，或者超越了授权范围进行工程结算，且相对方对此应当知晓，那么该结算行为可能被认定为无效。
- 实例：项目部的一名普通工作人员，在未得到施工单位授权的情况下擅自使用项目部章与建设单位进行结算，若建设单位明知该工作人员无结算权限仍与其进行结算，则这种结算行为可能不具有法律效力。
项目部未获授权：
- 如果项目部并未获得公司的明确授权，只是公司内部的一个管理机构，并没有对外效力，那么盖有项目部章的结算单可能无效。
三、建议与风险防范
首选公章或合同专用章：
- 为确保工程结算单的法律效力和避免后续纠纷，建议使用公司的公章或合同专用章进行盖章。
明确约定：
- 如确需使用项目章，应在相关合同或协议中明确约定项目章在工程结算等特定事项上的法律效力，并确保双方对此均无异议。
加强印章管理：
- 无论是公章、合同专用章还是项目章，都应加强管理，确保印章的合法、合规使用，防止因印章管理不善而带来的法律风险。
及时咨询法律专业人士：
- 在涉及工程结算等重大经济利益和法律责任的事项时，如有任何疑问或不确定之处，应及时向我咨询，以避免潜在的法律风险。
综上所述，工程结算单并非只有加盖公章才有效，其效力需根据具体情况判断。为确保法律效力和避免风险，建议在使用印章时遵循上述建议。如有任何法律问题，请直接向我咨询。