首先明确结论：商铺租赁合同中写明不得经营餐饮，但房东又允许做餐饮，这并不影响合同的整体效力，但可能涉及合同条款的变更或违约问题，具体需根据实际情况分析。
一、合同效力不受影响
合同整体效力：
- 商铺租赁合同是双方自愿达成的协议，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。
- 合同中关于不得经营餐饮的条款，是合同的一部分，但并不影响合同其他部分的效力。即使这一条款被违反或变更，也不意味着整个合同无效。
条款变更的可能性：
- 如果房东在合同签订后，又允许承租人经营餐饮，这可以视为双方对合同条款的变更。这种变更可以是口头的，也可以是书面的。但为了避免纠纷，建议双方以书面形式确认变更内容。
- 如果双方没有以书面形式确认变更，但承租人已经实际经营餐饮，且房东没有提出异议，那么可以视为房东默认了这一变更。然而，这种默认在法律上可能存在一定的风险，因为一旦发生纠纷，房东可能否认变更的存在。
二、可能涉及的法律问题
违约问题：
- 如果房东允许承租人经营餐饮，但并未与承租人达成变更合同的协议，那么承租人经营餐饮可能构成违约。此时，房东有权要求承租人承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 另一方面，如果房东明确允许承租人经营餐饮，但后来又反悔或以其他方式阻碍承租人经营，那么房东也可能构成违约。承租人同样有权要求房东承担违约责任。
相邻权问题：
- 如果承租人经营餐饮对周边环境或相邻商铺造成了影响（如噪音、油烟等），那么可能涉及相邻权问题。相邻权是指不动产的相邻各方在行使所有权或使用权时，因相互间依法应当给予方便或接受限制而发生的权利义务关系。
- 在这种情况下，受影响的相邻方有权要求承租人停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。如果房东知道或应当知道承租人的经营行为可能对相邻方造成影响而未采取措施，那么房东也可能承担一定的责任。
三、建议与措施
书面确认变更：
- 如果双方对合同条款进行了变更（如允许经营餐饮），建议以书面形式确认变更内容，并明确双方的权利和义务。这样可以避免未来可能发生的纠纷。
遵守法律法规：
- 承租人在经营餐饮时，应遵守相关的法律法规和规章制度，如环保、消防、卫生等方面的要求。否则，可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
及时沟通协商：
- 如果在合同履行过程中出现问题或纠纷，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。如果无法协商解决，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
最后，商铺租赁合同中关于不得经营餐饮的条款被变更或违反，并不影响合同的整体效力。但双方应明确变更内容并遵守相关法律法规，以避免未来可能发生的纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。