犯罪嫌疑人被扣押的车辆，最终会根据不同情况依法处理，具体如下：

1. 与案件无关的车辆：如果被扣押的车辆经查明确实与案件无关，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十五条的规定，公安机关应当在三日以内解除扣押，将车辆退还给原所有人或管理人。这是为了保障公民的合法财产不受非法侵犯。

2. 作为犯罪工具的车辆：如果车辆被认定为犯罪工具，例如用于运输毒品、走私物品等，那么根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，车辆将被依法没收，上缴国库。这是对犯罪行为的一种惩罚性措施，旨在剥夺犯罪分子利用犯罪工具继续实施犯罪的能力。

3. 涉及财产刑的车辆：在某些情况下，犯罪嫌疑人可能因犯罪行为被判处财产刑，如罚金或没收财产。如果车辆被纳入没收财产的范围，车辆将被依法拍卖或变卖，所得款项用于执行财产刑。这一过程中，会确保程序的合法性和公正性，保护相关当事人的合法权益。

4. 车辆存在权属争议：如果被扣押的车辆存在权属争议，例如涉及多个所有权人或抵押权人等，公安机关会先将车辆扣押，待权属争议解决后，再根据生效的法律文书或协议确定车辆的归属。在这一过程中，会充分保障各方当事人的合法权益，确保处理结果的公正性和合法性。

额外提醒：在整个处理过程中，如果当事人对公安机关的扣押、没收等决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。