贪污案件中被扣车辆的处理方式需根据车辆性质、案件阶段及最终判决结果综合判断，具体分为以下几种情况：

1. 车辆属于贪污赃物或违法所得
   若车辆系贪污所得（如用贪污款项购买、登记在贪污者或其关联人名下），根据《刑法》第六十四条，车辆属于违法所得，最终会被依法追缴并上缴国库。具体流程为：

   • 侦查阶段：由公安机关或监察机关扣押，作为证据固定；
     
   • 审查起诉阶段：检察机关核实车辆性质后，向法院提出追缴申请；
     
   • 判决阶段：法院判决书中明确车辆属于违法所得的，由执行机关（如法院）依法拍卖或变卖，所得款项上缴国库。

2. 车辆属于贪污者合法财产，但被用于犯罪工具
   若车辆本身为贪污者合法财产（如婚前个人财产），但被用于实施贪污行为（如运输赃款、接送行贿人等），根据《刑法》第六十四条，车辆可能被没收。但需满足“供犯罪所用的本人财物”这一条件，且需与犯罪行为直接相关。例如：

   • 车辆专门用于贪污犯罪（如改装车用于藏匿赃款），可能被没收；
     
   • 车辆仅偶尔用于犯罪（如私家车顺路搭载行贿人），通常不会被没收，但可能被扣押作为证据，案件结束后返还。

3. 车辆属于第三人合法财产，但被牵连扣押
   若车辆登记在贪污者亲属或他人名下，但实际为贪污者控制使用，需区分情况：

   • 第三人明知车辆用于犯罪：车辆可能被追缴或没收；
     
   • 第三人不知情且无过错：车辆属于善意取得，案件结束后应返还第三人。例如：贪污者用赃款为配偶购车，但配偶不知情且无过错，车辆应返还配偶。

4. 案件未定性前的临时处理
   在贪污案件侦查或审查阶段，车辆可能被扣押作为证据，但此时车辆权属尚未明确。若最终认定车辆与犯罪无关，或属于第三人合法财产，会依法返还；若认定属于违法所得或犯罪工具，则按上述流程处理。

总结：贪污案件中被扣车辆的处理核心是“权属+用途”双重判断。若您或他人涉及此类问题，建议提供车辆购买凭证、登记信息、使用情况等证据，以便更精准分析。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我会结合证据和法律条款为您详细解答。