劳动合同并非必须全部由公司保管，而是应由用人单位和劳动者各执一份。以下从不同角度为你详细分析：
法律规定角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条明确规定：“劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”这一规定清晰地表明了劳动合同的存放要求，即双方都应持有合同副本，而不是仅由公司保管。
实际操作角度
确保双方持有合同：
- 用人单位在合同签订后，有义务及时将一份合同副本交付给劳动者。这是用人单位的法定责任，也是保障劳动者权益的重要措施。
- 劳动者在收到合同副本后，应妥善保管，作为维护自身权益的重要依据。在发生劳动争议时，劳动合同是证明劳动关系、工作内容、工资待遇等关键事实的重要证据。
电子合同的存放：
- 如果采用电子形式订立劳动合同，用人单位应通过电子邮件、内部系统等方式，确保劳动者能够获取并保存合同文本。电子合同同样具有法律效力，但需注意保存方式和证据效力。例如，应确保电子合同的完整性、不可篡改性，并妥善保存相关的电子证据。
避免仅由公司保存合同：
- 仅由公司保存劳动合同的做法不符合法律规定，也可能引发劳动争议时的举证困难。如果劳动者无法提供合同副本，可能导致其权益受损，如无法证明自己的工资待遇、工作时间等关键事实。
- 在实际操作中，有些公司可能会以各种理由拒绝将合同副本交付给劳动者，或者以保管为由扣留合同。这种行为是违法的，劳动者有权要求公司交付合同副本，并可以向劳动监察部门投诉。
特殊情况说明
代签与补签问题：
- 在实际操作中，可能存在代签合同或补签合同的情况。无论何种方式，最终都应确保劳动者本人持有有效合同副本。代签需经劳动者明确授权，补签应及时完成并交付合同。如果代签或补签后未将合同副本交付给劳动者，同样可能引发劳动争议。
合同变更与续订：
- 合同变更或续订时，应重新签订书面协议，并由双方各执一份新合同。旧合同副本可保留备查，但需与新合同区分管理。这是为了确保合同的连续性和有效性，避免在发生争议时因合同版本不清而产生纠纷。
建议：作为劳动者，在签订劳动合同时，应要求公司交付合同副本，并妥善保管。如果公司拒绝交付或扣留合同，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。同时，在合同变更或续订时，也应注意要求公司交付新合同副本，并保留好旧合同副本以备查。如果你在劳动合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。