用工单位因效益不好扣员工工资，这一行为是否合法，需分情况讨论：
一、不合法的情况
缺乏劳动合同或规章制度依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得无故克扣劳动者工资，这自然包括了基本工资和绩效工资等所有工资组成部分。若劳动合同中未明确约定公司可因效益不好扣减工资，且公司内部规章制度也未对此进行规定，或规章制度未经过民主程序制定并公示告知员工，则用工单位扣减工资的行为不合法。
- 实例说明：如某公司未经员工大会讨论或未与工会协商，直接宣布扣除全体员工工资，此行为违反法律规定，员工有权要求公司补发工资并可能获得赔偿。
扣减后工资低于最低工资标准：
- 在任何情况下，员工的工资都不得低于当地的最低工资标准。若用工单位因效益不好扣减工资后，导致员工工资低于该标准，则扣减行为不合法。
- 实例说明：如某员工原工资为当地最低工资标准，公司因效益不好扣减其工资后，导致员工工资低于最低工资标准，此行为违反法律规定，员工有权要求公司补足差额。
未遵循协商一致原则：
- 依据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同内容需双方协商一致。若用工单位未经员工同意，单方面因效益不好扣减工资，则此行为违法。
- 实例说明：如公司未与员工协商，直接通知员工因效益不好要扣减工资，员工有权拒绝并要求公司按照原合同约定支付工资。
二、合法的情况
劳动合同有明确约定：
- 若劳动合同中明确约定了用工单位在效益不好时有权按照一定方式扣减工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则用工单位按照合同约定扣减工资是合法的。
- 实例说明：如某员工与公司签订的劳动合同中约定，若公司年度利润未达到预定目标，公司有权降低员工的工资。当公司年度利润未达标时，公司按照合同约定扣减员工工资，此做法合法。
规章制度合法有效且已告知员工：
- 若用工单位依据合法的民主程序制定了规章制度，并明确规定在公司效益不好的情况下可以扣减工资，且已将该制度告知员工，则扣减行为可能合法。但需注意，扣减的幅度和方式需符合约定，且扣减后工资不得低于最低工资标准。
- 实例说明：如某大型企业通过职工代表大会讨论并通过了相关规章制度，并在公司内部进行了公示和培训，员工也已知悉。当公司实际出现符合该规定的情况时，按照制度扣减工资就具有一定的合法性。
三、特殊情况与建议
- 特殊情况：若用工单位因经营困难面临停工停产，非因劳动者原因造成单位停工、停产超过一个工资支付周期的，用人单位可按地方规定支付生活费（如北京市为不低于最低工资的70%）。但此情况并非直接扣减工资，而是支付生活费，且需符合法定条件。
- 建议：若用工单位因效益不好考虑扣减工资，应优先与员工进行协商，争取达成书面协议。同时，用工单位应完善内部规章制度，明确薪酬调整机制，以规避未来争议。若员工对扣减工资有异议，可通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
综上所述，用工单位因效益不好扣员工工资是否合法，需综合考虑劳动合同约定、公司内部规章制度的具体内容以及相关法律法规的规定。在判断时，应重点关注合同或制度中是否有明确且合法的约定、扣减后工资是否低于最低工资标准以及是否遵循了协商一致原则等关键因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。