结论前置：农村宅基地上建二层且不超出自己宅基地面积，是否合法需根据具体情况判断，主要包括是否符合历史政策规定、是否经过合法审批等。以下从不同角度进行分析：
一、合法建二层的情况
符合历史政策规定：
- 在不同历史时期，国家对宅基地面积和层数的管理政策有所差异。若您的宅基地和建房行为符合当时的历史政策规定，例如，在特定历史时期内，政策允许在宅基地上建设二层且未对面积有严格限制，那么您的建房行为就是合法的。
- 此外，如果您的宅基地是在1982年《村镇建房用地管理条例》实施前已占用的，且之后未扩大面积，按照现有实际使用面积确权登记，那么在此宅基地上建设二层且不超出该面积，也是合法的。
经过合法审批：
- 如果您在建设二层前，已经按照当地法律法规和规划要求，向相关部门提出了申请，并获得了合法的审批手续，那么您的建房行为就是合法的。
- 审批过程中，相关部门会对您的宅基地面积、建房层数、建筑风格等进行审核，确保符合当地规划和法律法规要求。
二、不合法建二层的情况
未经批准擅自扩建：
- 如果您未经审批自行在宅基地上建设二层，或者虽然提出了申请但未获得批准就擅自建设，那么您的建房行为就是不合法的。
- 此类行为违反了宅基地管理规定，可能面临责令退还超占面积、拆除新建建筑物和恢复土地原状等要求。
超出宅基地面积限制：
- 即使您建设的是二层，但如果超出了当地规定的宅基地面积限制，那么您的建房行为也是不合法的。
- 宅基地面积限制是当地政府为了合理利用土地资源、保护耕地和生态环境而制定的，超出限制可能面临相应的法律责任。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 在建设二层前，务必了解并遵守当地法律法规和规划要求，确保宅基地使用面积和建房层数合规。
- 如果需要建设二层，应提前向相关部门提出申请，并获得合法的审批手续。
- 在建设过程中，应严格按照审批要求进行施工，不得擅自改变建筑风格、层数或面积等。
可能的法律后果：
- 如果未经批准擅自建设二层或超出宅基地面积限制，可能面临责令退还超占面积、拆除新建建筑物、恢复土地原状以及缴纳罚款等法律责任。
- 在严重情况下，还可能面临刑事责任追究，如非法占用农用地罪等。
总结：农村宅基地上建二层且不超出自己宅基地面积是否合法，需根据具体情况判断。为了确保合法合规，建议您在建设前了解并遵守当地法律法规和规划要求，提前向相关部门提出申请并获得合法审批手续。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。