结论概述：学校商户签订合作协议并收取转让费是否违法，需根据具体情况判断，包括合作协议的内容、转让费的性质及双方约定等。以下从多个角度进行分析。
一、合作协议的法律性质
合作协议，若其本质为租赁合同或承包经营合同，则受《中华人民共和国民法典》中相关租赁或承包条款的调整。在此类合同中，双方约定转让费（如场地使用费、品牌使用费等）并不直接违法，但需满足以下条件：
- 合法性：转让费的约定必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
- 合理性：转让费的金额应合理，与商户实际提供的服务或资源价值相当，不得存在显失公平或欺诈的情形。
- 明确性：合作协议中应明确转让费的性质、金额、支付方式及支付期限等关键条款，以避免后续纠纷。
二、转让费的合法性分析
若转让费为场地使用费：
- 在租赁合同中，出租方有权收取租金，而承租方在转租或转让场地时，若与第三方约定收取一定的费用（如转让费），这通常被视为承租方对场地使用权的转让对价。只要该费用不违反租赁合同的约定，且未损害出租方的利益，一般可视为合法。
- 但需注意，若租赁合同中明确禁止承租方转租或转让场地，或未经出租方同意擅自转租或转让，则承租方收取转让费的行为可能构成违约或违法。
若转让费为品牌使用费或技术转让费：
- 在承包经营合同或特许经营合同中，品牌使用费或技术转让费是常见的费用类型。只要这些费用在合同中有明确约定，且符合相关法律法规的规定（如特许经营需遵守《商业特许经营管理条例》），则收取转让费的行为是合法的。
若转让费涉及不正当竞争或商业贿赂：
- 若转让费的收取与不正当竞争行为（如排挤竞争对手、垄断市场）或商业贿赂行为（如为获取不正当利益而给予对方财物）有关，则该行为是违法的，可能受到《中华人民共和国反不正当竞争法》或《中华人民共和国刑法》的制裁。
三、法律建议
- 审查合作协议：在签订合作协议前，应仔细审查协议内容，确保转让费的约定合法、合理且明确。
- 咨询专业律师：若对合作协议或转让费的合法性存在疑问，建议咨询专业律师，以获取针对性的法律意见。
- 保留证据：在支付转让费时，应保留好相关证据（如转账记录、收据、合同等），以备后续维权之需。
四、可能的法律后果
若收取转让费的行为被认定为违法或违约，可能面临以下法律后果：
- 合同无效或可撤销：若转让费的约定违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，则合作协议可能被认定为无效或可撤销。
- 返还财产：若因收取转让费而获得不当利益，可能需返还该利益给受损方。
- 赔偿损失：若因收取转让费的行为给对方造成损失，可能需承担赔偿责任。
总结：学校商户签订合作协议并收取转让费是否违法，需根据具体情况判断。在签订合作协议前，建议仔细审查协议内容并咨询专业律师，以确保转让费的约定合法、合理且明确。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。