结论：是否违法需结合具体情况判断，若合作协议中明确约定了学费相关条款且合法合规，则收取学费一般不违法；若协议无约定或约定违法，则可能涉及违法问题。以下从不同角度详细分析：
一、合作协议中有明确约定学费相关条款的情况
合法合规约定：
- 如果合作协议中明确规定了学费的收取标准、方式、时间等，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么按照协议约定收取学费是合法的。
- 例子：甲乙双方签订合作协议，约定甲方向乙方提供某项专业技能培训，乙方需支付一定学费。协议中详细规定了学费金额、支付方式、培训内容等，这样的约定是合法有效的。
违法违规约定：
- 如果合作协议中的学费条款违反了法律法规的强制性规定，如规定了过高的学费、强制收取不合理费用等，那么这些条款可能是无效的。
- 例子：合作协议中约定学费远高于市场合理水平，且没有合理的解释或依据，这样的条款可能因违反公平原则而被认定为无效。
二、合作协议中没有明确约定学费相关条款的情况
双方协商一致：
- 如果合作协议中没有明确约定学费，但双方在实际合作过程中通过协商一致确定了学费的收取，且这种协商不违反法律法规和公序良俗，那么收取学费也是合法的。
- 例子：甲乙双方签订合作协议时未提及学费，但在合作过程中，甲方提出需要乙方支付一定学费以覆盖培训成本，乙方同意并支付了学费，这样的行为是合法的。
单方面收取学费：
- 如果合作协议中没有约定学费，且双方未就学费问题达成一致意见，一方单方面收取学费可能构成违约或侵权行为。
- 例子：甲方在未与乙方协商的情况下，单方面要求乙方支付学费，乙方拒绝支付，甲方却强行收取，这样的行为可能构成违约或侵权，乙方有权要求甲方返还学费并承担相应法律责任。
三、其他注意事项
合同条款的明确性：
- 合作协议中的条款应当明确、具体，避免模糊不清或产生歧义。对于学费等重要条款，应当详细规定其金额、支付方式、时间等，以减少纠纷的发生。
法律法规的遵守：
- 在签订和履行合作协议时，双方应当遵守相关法律法规的规定，不得违反法律法规的强制性规定或违背公序良俗。
纠纷解决机制：
- 合作协议中可以约定纠纷解决机制，如协商、调解、仲裁或诉讼等。在发生纠纷时，双方可以按照约定选择合适的解决方式，以维护自身合法权益。
建议：在签订合作协议时，务必仔细阅读协议条款，特别是关于学费等重要事项的约定。如有疑问或不确定之处，建议咨询专业律师以获取法律意见。如果在实际合作过程中遇到学费相关的问题或纠纷，也可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供法律建议和帮助。